自建房因政策限制无法过户时，双方签订的协议可以公证，但公证仅能证明协议真实性，无法突破法律对自建房过户的限制。以下从不同角度展开分析：

1. 公证的法律效力
   根据《公证法》第二条，公证是公证机构对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。对于自建房买卖协议，公证处可对协议签订过程、双方意思表示真实性进行公证，但公证不改变协议本身的法律效力。若协议内容因违反法律强制性规定（如自建房无法过户）而无效，公证无法使其生效。

2. 自建房过户的法律限制
   自建房通常指在集体土地上建造的房屋，其流转受《土地管理法》《民法典》等限制：

   • 集体土地性质：若房屋建在集体土地上，根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地使用权不得向城镇居民出售，仅限本集体经济组织成员内部流转。
     
   • 小产权房问题：若自建房未取得合法产权证明（如“小产权房”），其交易不受法律保护，无法办理过户登记。
     
   • 城市自建房：若房屋建在国有土地上且已取得产权证，需符合当地限购、限售政策方可过户；若未取得产权证，则无法过户。

3. 公证协议的风险与建议

   • 风险：
     
     • 协议可能因违反法律强制性规定被认定无效，导致买方无法取得房屋所有权。
       
     • 若房屋被征收、拆迁，补偿款可能仍归原产权人所有，买方权益难以保障。
       
     • 卖方可能因债务纠纷导致房屋被查封、拍卖，买方无法对抗第三人。
       
   • 建议：
     
     • 签订协议前，务必核实房屋产权性质（集体土地/国有土地）、是否取得合法产权证明。
       
     • 在协议中明确约定违约责任（如卖方违约需赔偿买方全部损失），并约定资金监管或分期付款方式降低风险。
       
     • 可通过“以租代售”模式（需符合当地政策）或要求卖方将房屋抵押给买方作为担保，但需注意抵押需办理登记才生效。
       

总结：自建房无法过户时，公证协议仅能证明双方真实意思表示，无法解决法律上的过户障碍。建议谨慎评估风险，必要时咨询律师设计合法合规的交易方案。