结论：在离婚协议中约定房子归母亲，但房本写了儿子名的情况下，房产的归属并非直接由离婚协议或房本单独决定，而是需要综合考虑离婚协议的约定、房产登记情况以及实际履行情况等多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 离婚协议的约定：

   • 离婚协议是夫妻双方就离婚相关事宜（包括财产分割）达成的书面协议，具有法律效力。如果离婚协议中明确约定房子归母亲所有，那么这一约定在夫妻双方之间是具有约束力的。

2. 房产登记情况：

   • 房产登记是确定房产所有权的重要依据。如果房本上写的是儿子的名字，那么从法律外观上看，儿子是房产的登记所有权人。然而，房产登记并不总是与实际所有权完全一致，特别是在存在离婚协议等内部约定的情况下。

3. 实际履行情况：

   • 除了离婚协议和房产登记外，实际履行情况也是判断房产归属的重要因素。如果母亲在离婚后一直实际占有、使用、管理该房产，并且有相关证据（如水电费缴纳记录、物业费缴纳记录等）支持，那么这可以进一步证明母亲对房产的实际所有权。

4. 法律后果与建议：

   • 如果母亲希望确认自己对房产的所有权，她可以考虑与儿子协商，将房产过户到自己名下，以符合离婚协议的约定和实际履行情况。
   • 如果儿子不同意过户，母亲可以依据离婚协议向法院提起诉讼，要求确认房产所有权并办理过户手续。在诉讼过程中，母亲需要提供充分的证据证明离婚协议的约定以及自己对房产的实际占有、使用、管理情况。
   • 另外，如果离婚协议中未明确约定房产过户的具体时间和方式，母亲也可以与儿子协商补充约定，或者通过法律途径解决争议。

特殊情况考虑：

• 如果儿子在离婚后已经将房产出售或抵押给第三方，并且第三方是善意取得（即不知道且不应知道房产存在争议），那么母亲可能难以直接追回房产。在这种情况下，母亲可能需要通过法律途径追究儿子的违约责任或侵权责任。

总结与建议：

• 房产的归属问题并非简单由离婚协议或房本单独决定，而是需要综合考虑多个因素。
• 如果母亲希望确认自己对房产的所有权，建议她先与儿子协商解决；如果协商不成，可以寻求法律途径解决争议。
• 在处理此类问题时，母亲应尽可能收集并保留相关证据，以便在需要时提供证明。

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