秘书长工资过高，仅经过理事会通过并不一定就合法，这需要分情况讨论：

1. 从公司治理结构与决策程序的角度：

   • 在许多组织中，特别是非营利组织或社团法人中，理事会作为决策机构，有权对包括秘书长工资在内的重大事项进行决策。然而，这种决策权并非无限制的。它必须遵循组织章程、相关法律法规以及内部规章制度的规定。
   • 如果组织章程或相关法律法规对秘书长的工资标准有明确规定，或者对理事会决策工资的程序有具体要求（如需要经过特定比例的理事同意、需要公开透明等），那么理事会必须严格遵守这些规定和程序。否则，即使工资标准经过了理事会通过，也可能因违反规定而无效。

2. 从劳动法与工资福利的角度：

   • 根据劳动法的相关规定，劳动者的工资应当遵循按劳分配、同工同酬等原则，且不得低于当地最低工资标准。对于秘书长的工资，如果其过高到违反了这些原则或标准，即使经过了理事会通过，也可能面临法律上的挑战。
   • 此外，如果秘书长的工资构成中包含了不合理的部分（如过高的奖金、津贴等），或者其工资水平与组织的经济状况、业绩等明显不符，也可能引发质疑和争议。

3. 从合规性与公平性的角度：

   • 除了上述法律和组织章程的规定外，秘书长的工资标准还需要考虑合规性和公平性。合规性指的是工资标准必须符合相关法律法规和监管要求；公平性则指的是工资标准应当与秘书长的职责、贡献以及组织的经济状况相匹配。
   • 如果秘书长的工资标准过高，且无法合理解释其合理性，那么即使经过了理事会通过，也可能损害组织的声誉和公信力，甚至引发内部矛盾和法律纠纷。

法律建议：

• 对于组织而言，应当建立健全的工资管理制度和决策程序，确保秘书长的工资标准既符合法律法规和组织章程的规定，又体现合规性和公平性。
• 对于理事会而言，在决策秘书长的工资标准时，应当充分考虑组织的经济状况、业绩以及秘书长的职责和贡献等因素，确保决策的合理性和公正性。
• 如果对秘书长的工资标准存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构进行评估和调解，以避免潜在的法律风险和纠纷。

可能后果：

• 如果秘书长的工资标准因违反法律法规、组织章程或内部规章制度而被认定无效，那么组织可能需要重新调整工资标准，并可能面临相关的法律责任和处罚。
• 如果秘书长的工资标准引发内部矛盾或法律纠纷，那么组织的正常运营和声誉可能受到损害，甚至可能面临更严重的法律后果。

因此，在确定秘书长的工资标准时，必须谨慎对待并遵循相关法律法规和组织章程的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。