结论：法院适用扣留工程款，发包人在扣留期间支付了被执行人拖欠的农民工工资，这一行为在法律上通常不能直接否认其扣留工程款的合法性，但具体需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
扣留工程款的合法性基础：
- 法院扣留工程款通常基于执行程序中的需要，如为了保障债权人的合法权益，防止被执行人转移财产等。这种扣留行为是法院依法行使执行权的一种表现，具有合法性。
- 在扣留工程款期间，发包人作为工程款的支付义务人，应当遵守法院的扣留决定，不得擅自支付或转移被扣留的款项。
发包人支付农民工工资的行为分析：
- 如果发包人在扣留期间未经法院许可，擅自支付了被执行人拖欠的农民工工资，这一行为可能构成对法院扣留决定的违反。然而，从另一个角度看，支付农民工工资是发包人履行其社会责任和合同义务的一部分，特别是在涉及农民工这一弱势群体的利益时，法律往往倾向于保护其合法权益。
- 如果发包人能够证明其支付农民工工资的行为是出于善意，且是为了避免农民工因工资拖欠而遭受更大的损失，同时该支付行为并未损害其他债权人的合法权益，那么这一行为在法律上可能得到一定的宽容或理解。
法律后果与判断标准：
- 如果发包人的支付行为被认定为违反法院扣留决定，法院可能会对其采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，并可能要求其追回已支付的款项。
- 在判断发包人的支付行为是否合法时，法院会综合考虑多种因素，包括支付行为的动机、目的、方式、后果以及是否损害了其他债权人的合法权益等。如果发包人的支付行为符合法律规定的条件和程序，且未损害其他债权人的利益，那么这一行为可能不会被认定为违法。
实际操作建议：
- 对于发包人而言，在面临法院扣留工程款的情况下，如果确实需要支付农民工工资，应当首先与法院沟通并获得许可。如果无法获得许可，发包人可以考虑通过其他合法途径来保障农民工的权益，如提供担保、与债权人协商等。
- 对于债权人而言，如果发现发包人在扣留期间擅自支付了农民工工资，应当及时向法院报告并申请采取相应的强制措施。同时，债权人也可以与发包人进行协商，寻求妥善解决纠纷的途径。
总结与启示：法院扣留工程款是执行程序中的一种合法手段，发包人在扣留期间应当遵守法院的决定。如果发包人需要支付农民工工资，应当通过合法途径进行并获得法院的许可。在处理此类纠纷时，各方应当保持冷静和理性，通过协商和法律途径来寻求妥善解决纠纷的途径。如果您在劳动工伤（工资福利）领域有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。