结论：工资卡被限额时，您可以与单位协商分两笔打款，但需结合具体合同约定、银行规则及单位配合意愿综合判断。以下从法律、实务操作、风险防范三个角度展开说明：

一、法律层面：协商分笔打款的合法性

1. 工资支付形式可协商
   根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，但未强制限定支付方式（如单笔或多笔转账）。因此，单位与您协商一致后，可通过分两笔转账完成工资支付，不违反法律规定。

2. 需注意合同约定
   若劳动合同或单位规章制度中明确约定“工资须一次性支付至指定账户”，则单位可能以“合同约定”为由拒绝分笔打款。此时需进一步分析：

   • 若限额是因银行单笔转账限制（如二类账户日限额1万元），单位拒绝分笔可能构成未足额支付工资，您可依据《劳动合同法》第三十八条主张权利；
     
   • 若限额是您自行设置（如手机银行转账限额），单位可能要求您先调整限额或提供其他账户，否则不承担责任。

二、实务操作：分笔打款的关键步骤

1. 与单位沟通协商

   • 书面提出申请：建议通过邮件或书面函件向单位财务或人事部门说明情况（如“因工资卡二类账户限额，申请将X月工资分两笔支付，分别于X日、X日转入账户”），保留沟通记录作为证据。
     
   • 提供替代方案：若单位担心分笔打款增加工作量，可主动提供其他一类账户（如配偶账户）或协助办理工资卡升级（二类卡升级为一类卡）。

2. 配合银行调整限额

   • 若限额是银行单方面设置（如反诈风控），可携带身份证、工资证明等材料至银行柜台申请临时调高限额，或签署《风险告知书》解除限制。
     
   • 注意：部分银行可能要求单位出具加盖公章的《工资支付说明》才同意调限，需提前与单位沟通配合。

三、风险防范：避免分笔打款引发纠纷

1. 明确分笔金额与时间
   若单位同意分笔打款，务必在书面协议中约定每笔金额、到账时间（如“第一笔X元于X日支付，第二笔X元于X日支付”），避免单位以“财务流程”为由拖延支付。

2. 保留工资支付证据
   分笔到账后，及时截图或打印银行流水，标注“X月工资（第一笔）”“X月工资（第二笔）”，并与单位核对总金额是否与应发工资一致，防止单位少发或漏发。

3. 警惕单位变相克扣工资
   若单位以“分笔打款需扣除手续费”或“分笔支付属于代发”为由减少实发金额，可能涉嫌克扣工资。此时可依据《劳动合同法》第三十条要求单位补足差额，并向劳动监察部门投诉。

总结建议：工资卡被限额时，优先尝试与单位协商分笔打款，并同步联系银行调整限额。若单位拒绝配合，可结合合同约定、银行规则及实际损失（如逾期付款利息）综合评估是否通过法律途径解决。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。