结论前置：公司要求两张卡发工资是否违法，需根据具体情况综合判断，并不必然违法。以下从不同角度进行分析：
合法情形
合理财务安排与业务需求：
- 公司出于管理便利或特定的业务需求，例如将基本工资与绩效奖金、补贴等通过不同的卡发放，以便分类核算和分析人力成本。这种做法在劳动合同或相关规章制度中有明确约定，且不违反法律法规的强制性规定时，是合法的。
- 举例：小张在公司担任销售岗位，公司为了激励员工，将基本工资通过一张卡发放，销售提成通过另一张卡发放。这种做法既符合公司的薪酬管理制度，也符合法律法规的规定。
员工同意与充分沟通：
- 在实施两张卡发放工资前，公司应与员工进行充分沟通，确保员工了解并接受这种工资发放方式。员工知晓并同意的情况下，公司采用两张卡发放工资是合法的。
- 举例：小李因个人财务规划需求，主动向公司提出将工资分两张卡发放。公司经过评估后认为可行，并与小李签订了相关协议，明确了工资发放方式和税务处理等事项。这种做法也是合法的。
非法情形与潜在风险
逃避税收与社保责任：
- 如果公司通过两张卡发放工资的目的是为了隐瞒员工的真实收入，逃避缴纳个人所得税以及企业应承担的社保等费用，这种行为是违法的。税务部门有权对公司进行调查和处罚，追缴少缴的税款、滞纳金，并处以罚款。情节严重的，还可能面临刑事处罚。
- 举例：某公司为了降低社保费用，通过关联公司发放部分工资，以减少应缴纳的社保基数。这种行为就构成了逃避社保责任的违法行为。
侵害员工权益：
- 公司通过两张卡发放工资时，若故意模糊工资构成和数额，导致在计算经济补偿金、加班工资等涉及以工资为基数的权益时少计算基数，从而侵害员工合法权益，这种行为也是非法的。员工有权向劳动监察等相关部门举报或投诉，以维护自身的合法权益。
- 举例：小王在公司工作期间，公司通过两张卡发放工资，但未明确告知小王工资的具体构成和数额。后来，小王因公司原因离职，要求公司支付经济补偿金时，公司却以工资数额不明确为由拒绝支付。这种行为就构成了侵害员工权益的违法行为。
劳动纠纷风险：
- 采用两张卡发放工资可能会增加劳动纠纷的风险。在发生劳动纠纷时，工资数额的调查可能会因为工资分散到多张卡上而变得复杂，给公司和员工都带来不必要的麻烦。
税务处理建议
- 无论公司采用多少张卡发放工资，员工都需要按照实际收到的工资性收入总额来申报和缴纳个人所得税。个人所得税的计算是基于年度收入总额，而非单张工资卡的收入。公司应确保如实申报员工的工资收入，避免逃税行为。
- 对于同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处所得中减除，避免重复扣除。年终需进行汇算清缴，对从两处以上取得的综合所得进行多退少补。若综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元，次年需进行个税汇算清缴。
综合建议
- 对公司：在决定采用两张卡发放工资前，应充分评估其合法性和潜在风险，并与员工进行充分沟通，确保员工了解并接受这种工资发放方式。同时，公司应确保如实申报税收、不逃避社保责任，且不得侵害员工合法权益。
- 对员工：应了解自己的权益和义务，确保自己的合法权益不受侵害。如果对公司工资发放方式有疑问或担忧，可以及时向公司提出并要求解释说明。如果公司存在违法行为，员工有权向劳动监察等相关部门举报或投诉。
总之，公司要求两张卡发工资并不必然违法，但必须遵守相关法律法规，确保如实申报税收、不逃避社保责任，且不得侵害员工合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。