结论：经营公司的食品被检验出致病微生物，一般不适用免责条款，但具体是否免责需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、食品安全法相关规定
根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者应当保证其生产经营的食品符合食品安全标准，不得生产经营致病性微生物、农药残留、兽药残留、生物毒素、重金属等污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品。若食品被检验出致病微生物，这明显违反了食品安全法的规定，食品生产经营者需要承担相应的法律责任，通常不适用免责条款。
二、免责条款的适用条件
免责条款通常是在合同中约定的，用于免除一方或双方在特定情况下的责任。然而，在食品安全领域，由于涉及到公众健康和生命安全，免责条款的适用受到严格限制。一般来说，除非能够证明食品中的致病微生物是由于不可抗力、消费者自身原因或第三方故意行为等特定原因造成的，且食品生产经营者已经采取了必要的预防措施，否则很难适用免责条款。
三、可能免责的特殊情况
尽管在大多数情况下，食品被检验出致病微生物不适用免责条款，但也存在一些特殊情况可能构成免责事由。例如：
不可抗力：如自然灾害、战争等不可抗力因素导致食品生产过程中受到污染，且食品生产经营者能够证明其已经采取了合理的预防措施，但仍无法避免污染的发生。
消费者自身原因：如消费者在购买食品后，由于保存不当或自行添加了有害物质等原因导致食品中出现致病微生物。但这种情况需要食品生产经营者能够提供充分的证据证明消费者存在过错。
第三方故意行为：如第三方故意在食品中投放致病微生物等有害物质，且食品生产经营者能够证明其已经采取了必要的安全防范措施，但仍无法防止污染的发生。
四、法律建议
立即停止销售并召回问题食品：一旦发现食品被检验出致病微生物，食品生产经营者应立即停止销售相关食品，并主动召回已销售的问题食品，以减少对消费者的危害。
配合调查并承担责任：食品生产经营者应积极配合相关部门的调查工作，如实提供有关情况和证据。如果确实存在违法行为，应主动承担法律责任，包括赔偿消费者的损失等。
加强食品安全管理：食品生产经营者应加强食品安全管理，完善食品安全管理制度和操作规程，确保食品生产过程中的卫生和安全。同时，应定期对食品进行检验和检测，及时发现并处理潜在的安全隐患。
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