在法院撤销自然资源局与企业的行政协议后，原告若要解决问题并要回土地，通常需要视具体情况来决定是否还需要起诉其他主体。以下是一些可能的情况及相应的法律建议：

1. 若土地仍由企业直接占有：

   • 情况分析：如果法院撤销行政协议后，土地仍然由企业直接占有，且没有其他合法依据（如新的土地使用权证、租赁合同等）支持其占有，那么原告可以直接依据法院的撤销判决，向企业主张返还土地。
   • 法律建议：在此情况下，原告可能不需要再次起诉，而是可以直接通过执行程序，要求企业返还土地。如果企业拒绝返还，原告可以向法院申请强制执行。

2. 若土地已由企业转让给第三方：

   • 情况分析：如果企业在行政协议被撤销前，已经将土地转让给了第三方，并且第三方已经取得了合法的土地使用权或所有权，那么情况就变得复杂了。此时，原告不能直接要求第三方返还土地，因为第三方可能构成善意取得。
   • 法律建议：
     • 起诉企业：原告可以起诉企业，要求其承担违约责任或侵权责任，赔偿因土地转让给原告造成的损失。
     • 审查第三方取得土地的合法性：如果原告认为第三方取得土地存在违法情形（如恶意串通、低价受让等），可以尝试通过法律途径挑战第三方的土地使用权或所有权，但这通常需要充分的证据支持。

3. 若自然资源局存在过错：

   • 情况分析：如果法院撤销行政协议是因为自然资源局在签订或履行协议过程中存在过错（如超越职权、违反法定程序等），那么原告还可以考虑向自然资源局主张赔偿。
   • 法律建议：原告可以依据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，向自然资源局提出国家赔偿申请。如果自然资源局拒绝赔偿或赔偿金额不满意，原告可以向法院提起行政赔偿诉讼。

4. 综合策略：

   • 收集证据：无论选择哪种途径，原告都需要收集充分的证据来支持自己的主张。这包括行政协议、法院的撤销判决、土地权属证明、企业转让土地的证据等。
   • 咨询专业律师：由于土地纠纷往往涉及复杂的法律关系和大量的证据材料，原告在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。

在处理此类纠纷时，原告还需要注意以下几点：

• 时效性：注意相关法律程序的时效性，如起诉期限、申请执行期限等，以免错过维权时机。
• 程序合法性：确保自己的维权行为符合法律程序要求，避免因程序违法而导致维权失败。
• 证据充分性：尽可能收集充分的证据来支持自己的主张，以提高维权成功的几率。

总之，在法院撤销自然资源局与企业的行政协议后，原告若要解决问题并要回土地，需要根据具体情况来决定是否还需要起诉其他主体。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。