针对法院已判决集体土地证有效，但发证单位仍通过行政手段撤销该证的情况，可按以下步骤处理：

1. 确认法院判决的终局性
   若法院判决已生效（即超过上诉期或二审终审），则该判决具有法律强制力，发证单位无权通过行政手段直接撤销。根据《行政诉讼法》第94条，行政机关必须履行生效判决，否则当事人可申请法院强制执行。此时应优先以法院判决作为维权核心依据。

2. 核查发证单位撤销行为的合法性
   发证单位若以“程序违法”“事实认定错误”等理由撤销土地证，需满足以下条件：

   • 程序合法性：撤销行为必须依据《行政许可法》第69条，通过正式行政程序（如听证、书面通知等）作出，并说明具体法律依据和事实理由。
     
   • 证据充分性：若发证单位主张原发证行为违法（如土地权属争议、审批材料造假等），需提供新证据推翻原判决认定的事实。若无法提供，其撤销行为可能因“证据不足”被认定违法。
     
   • 时效限制：根据《行政复议法》第9条，若原发证行为被起诉过，发证单位需在诉讼期间或判决后及时主张权利，逾期撤销可能因“超过法定期限”被否定。

3. 分情况采取救济措施

   • 情况一：发证单位未履行法院判决，直接撤销土地证
     可向原生效判决法院申请强制执行，要求发证单位恢复土地证效力。同时，可依据《行政诉讼法》第76条，起诉发证单位“不履行法定职责”，要求其承担违法责任（如赔偿损失）。
     
   • 情况二：发证单位通过新行政程序撤销土地证，但程序违法
     可针对撤销行为提起行政诉讼，主张其违反法定程序（如未听证、未送达通知等），请求法院判决撤销该行政行为。
     
   • 情况三：发证单位提供新证据，证明原发证行为确实违法
     若新证据足以推翻原判决，可尝试通过审判监督程序（再审）申请撤销原判决，但此路径难度较高，需满足《民事诉讼法》第207条规定的再审条件（如新证据足以改变原结果）。更务实的做法是接受撤销结果，但要求发证单位依法补偿损失（如土地投入、预期收益等）。

4. 关键证据收集与策略建议

   • 证据清单：保留法院判决书、土地证原件、发证单位撤销通知、相关审批文件、土地使用证明（如缴费凭证、建设合同）等。
     
   • 策略选择：若发证单位撤销行为明显违法（如无新证据、程序缺失），优先通过行政诉讼直接否定其撤销行为；若存在权属争议等复杂问题，可同步申请政府信息公开，调取发证档案，查明撤销的真实原因。

总结：法院判决生效后，发证单位无权单方面撤销土地证。您可通过申请强制执行、提起行政诉讼或要求补偿等方式维权，具体路径需结合撤销行为的合法性及证据情况选择。如有进一步细节（如撤销通知内容、原判决理由等），可向我补充说明，以便更精准分析。