在房产证办理多年后补办国有土地证，若要通过行政诉讼撤销该土地证，诉讼时效的起算点及撤销依据需结合具体情况分析，核心结论如下：

1. 若土地证补办行为存在重大且明显违法情形（如超越职权、违反法定程序、证据造假等），可不受诉讼时效限制，直接以“行政行为违法”为由主张撤销
   根据《行政诉讼法》第75条及司法解释，行政行为存在“重大且明显违法”时（如无权发证、未履行公告程序、土地权属存在争议未处理等），法院可确认其无效，且不受起诉期限限制。此时，即使土地证补办多年，仍可起诉撤销。
   关键点：需证明补办行为存在根本性违法（如土地权属不清、未依法公示、发证机关无权限等），而非单纯程序瑕疵。

2. 若土地证补办行为仅存在一般违法（如程序轻微瑕疵、证据不充分但未达到“重大明显”程度），则需在“知道或应当知道行政行为内容之日起6个月内”起诉，最长不超过行政行为作出之日起5年
   根据《行政诉讼法》第46条，公民、法人直接向法院提起诉讼的，应自知道或应当知道行政行为内容之日起6个月内提出；若未告知诉权或起诉期限，从知道或应当知道诉权内容之日起计算，但最长不得超过行政行为作出之日起5年（不动产案件为20年）。
   应用场景：例如，土地证补办时未依法通知利害关系人，但利害关系人多年后通过其他途径发现土地证存在，此时需在发现之日起6个月内起诉，且需在土地证补办之日起20年内提出（超过5年需举证证明“不知道”）。

3. 若土地证补办行为合法，但后续发现土地权属存在争议（如原房产证与土地证权属不一致），需先通过“土地权属争议调处程序”解决实体争议，再考虑行政诉讼
   根据《土地管理法》第14条，土地权属有争议的，应先由人民政府处理；对处理结果不服的，可提起行政诉讼。此时，直接起诉撤销土地证可能被法院以“未履行前置程序”为由驳回。
   操作建议：先向县级以上人民政府申请土地权属争议调处，明确土地实际权属后，再针对补办土地证的行为是否合法提起诉讼。

行动建议：

• 立即收集土地证补办时的相关材料（如申请文件、审批记录、公告记录等），分析补办行为是否存在违法点；
  
• 确认自身是否在法定期限内（6个月或最长20年）具备起诉条件；
  
• 若涉及土地权属争议，优先启动政府调处程序，固定证据后再行诉讼。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我提供具体材料，我将结合案情给出更精准的诉讼策略。