结论：您遇到的情况可能涉及土地权属确认的复杂法律问题，包括历史遗留问题、证据效力、行政程序合法性等多个方面。以下从不同角度为您分析可能的原因及法律依据。

1. 历史遗留问题与土地权属确认

• 核心前提：1962年的土地证存根属于历史权属证明，但我国土地管理法律体系经历了多次变革（如1986年《土地管理法》颁布、1998年修订等），历史证据的效力需结合现行法律审查。
• 可能原因：
  • 证据不足：若土地证存根缺乏完整档案（如审批文件、四至界限图等），行政机关可能以“证据链不完整”为由撤销。
  • 权属争议：若第三方提出相反证据（如更晚的权属证明、长期使用事实等），行政机关需通过听证、调查等程序重新确认权属。
  • 程序违法：若原土地证颁发程序存在瑕疵（如未公告、未实地勘查等），可能被认定为无效。

2. “使用事实”裁决的法律依据与限制

• 法律依据：
  • 根据《土地管理法》第14条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。处理时以事实为依据，结合历史情况。
  • 《民法典》第231条也规定，因合法建造、继承等事实行为取得物权的，自事实行为成就时发生效力。
• 限制条件：
  • 优先权原则：若第三方持有更晚的合法权属证明（如宅基地使用证、土地承包经营权证），其权利可能优先于“使用事实”。
  • 公共利益：若土地涉及征收、规划调整等公共利益，行政机关可能依法调整权属。

3. 行政撤销程序的合法性审查

• 程序要求：
  • 根据《行政许可法》第69条，行政机关可撤销违法颁发的行政许可（如土地证），但需履行听证、告知等程序。
  • 若您未收到书面通知或未参与听证，可主张程序违法。
• 救济途径：
  • 行政复议：自知道撤销决定之日起60日内，向上一级行政机关申请复议。
  • 行政诉讼：自知道撤销决定之日起6个月内，向法院提起诉讼，要求撤销行政行为。

4. 实务建议

• 收集证据：
  • 补充1962年土地证的原始档案（如审批表、缴费凭证等）。
  • 收集长期使用土地的证据（如纳税记录、邻里证言、照片等）。
• 申请信息公开：
  • 向当地自然资源部门申请公开土地登记档案，确认撤销决定的依据。
• 协商或调解：
  • 若涉及第三方争议，可尝试通过村委会、人民调解委员会等渠道协商。
• 法律程序：
  • 若协商无果，及时启动行政复议或诉讼，避免超过时效。

示例：
假设您持有1962年土地证存根，但行政机关以“第三方持有1990年宅基地证”为由撤销您的权属。此时需审查：

1. 第三方宅基地证的颁发程序是否合法；
2. 您的土地证存根是否被依法注销；
3. 双方使用土地的时间先后及重叠情况。

提示：土地权属争议往往涉及复杂的历史和法律问题，建议携带所有相关材料（如土地证、协议、照片等）面谈，以便更精准地分析案情。