结论：农业局擅自撤证的行为是否违法，需结合具体情况判断，但通常来说，行政机关未经法定程序擅自撤销已颁发的证书是违法的。关于农业局在解决土地纠纷中的调解行为，若其依法进行调解，则不违法；若调解过程中存在违法行为，则可能构成违法。
详细分析：
关于农业局擅自撤证的行为：
- 法律依据：根据《行政许可法》等相关法律法规，行政机关在颁发证书后，若需撤销该证书，必须遵循法定程序，如通知当事人、听取陈述申辩、进行调查取证等。未经法定程序擅自撤销证书，可能构成程序违法。
- 具体情况分析：若农业局在未履行上述法定程序的情况下，擅自撤销了土地相关的证书（如土地使用权证、宅基地使用证等），则其行为很可能构成违法。当事人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销该违法行政行为并恢复证书效力。
关于农业局在解决土地纠纷中的调解行为：
- 调解的合法性：农业局作为行政机关，在解决土地纠纷时，可以依法进行调解。调解是一种非诉讼的纠纷解决方式，旨在通过双方协商达成和解协议，解决纠纷。只要调解过程遵循自愿、合法、公平、公正的原则，且不违反法律法规的强制性规定，则调解行为本身不违法。
- 调解中的违法行为：若农业局在调解过程中存在违法行为，如强迫当事人接受调解结果、泄露当事人隐私、收受贿赂等，则可能构成违法。此时，当事人有权向相关部门投诉或举报，要求追究农业局及相关责任人员的法律责任。
建议与行动：
对于农业局擅自撤证的行为：
- 当事人应首先收集相关证据，如证书原件、农业局撤销证书的通知或决定书等。
- 然后，可以依法向农业局的上级机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，要求撤销农业局的违法行政行为并恢复证书效力。
对于农业局在调解中的违法行为：
- 当事人应保留好调解过程中的相关证据，如调解协议、录音录像等。
- 若发现农业局存在违法行为，可以向其上级机关或纪检监察部门投诉或举报，要求追究相关责任人员的法律责任。
后续思考：
- 当事人在面对农业局等行政机关的行政行为时，应增强法律意识，了解自己的权利和义务。
- 在遇到纠纷时，应积极寻求法律途径解决，如申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护自己的合法权益。
- 同时，也应关注行政机关的调解行为是否合法合规，避免在调解过程中受到不公正的待遇。
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