当原告只起诉企业分公司时，法院的处理方式主要取决于分公司的民事诉讼主体资格以及其是否具有独立的财产和偿债能力。以下从不同角度进行分析：
分公司具有诉讼主体资格的情况
- 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。” 但同时，根据《民事诉讼法》及相关司法解释，依法设立并领取营业执照的分公司，虽然不具有法人资格，但可以作为民事诉讼的当事人参与诉讼。
- 法院处理：若分公司具有独立的财产和偿债能力，且原告仅起诉分公司，法院通常会直接审理案件，并根据分公司的财产状况判决其承担相应的民事责任。若分公司财产不足以清偿债务，法院可能会追加总公司为共同被告，或者判决由总公司承担补充清偿责任。
分公司不具有独立财产或偿债能力的情况
- 法律背景：尽管分公司可以作为诉讼主体，但如果其没有独立的财产或偿债能力，那么仅起诉分公司可能无法有效保障原告的权益。
- 法院处理：在这种情况下，法院可能会根据原告的申请或依职权追加总公司为共同被告，以确保判决能够得到有效执行。或者，法院在判决分公司承担责任的同时，明确总公司需承担补充清偿责任。
原告的选择与法院的建议
- 原告选择：原告在起诉时，有权选择仅起诉分公司，也有权选择同时起诉分公司和总公司。这取决于原告对案件事实的了解程度、对分公司和总公司财产状况的评估以及诉讼策略的考虑。
- 法院建议：在审理过程中，如果法院发现仅起诉分公司可能无法充分保障原告的权益，法院可能会向原告释明相关法律风险，并建议原告追加总公司为共同被告。当然，最终是否追加被告仍取决于原告的意愿。
法律建议：
- 对于原告而言，在起诉前应充分了解分公司和总公司的财产状况、偿债能力以及法律关系，以便做出更明智的诉讼选择。
- 如果原告对分公司和总公司的财产状况不确定，或者担心仅起诉分公司可能无法有效保障权益，可以考虑同时起诉分公司和总公司。
- 在诉讼过程中，原告应积极配合法院的审理工作，提供充分的证据支持自己的主张，并根据法院的建议及时调整诉讼策略。
可能后果：
- 如果仅起诉分公司且分公司具有偿债能力，法院将判决分公司承担相应责任，原告权益得到保障。
- 如果仅起诉分公司但分公司无偿债能力，且未追加总公司为被告，可能导致判决无法得到有效执行，原告权益受损。
- 如果同时起诉分公司和总公司，法院将根据案件事实和法律规定判决两者承担相应责任，更有利于保障原告权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。