在非法行医中，使用的药品主要由市场监督管理部门进行管理，同时卫生健康行政部门也承担一定的监管职责。以下是对这一问题的详细分析：

1. 市场监督管理部门的管理职责：

   • 市场监督管理部门在非法行医治理中扮演着重要角色，它负责药品和医疗器械的质量监管。对于非法行医中涉及的销售、使用假药、劣药或不合格医疗器械的行为，市场监督管理部门有权进行查处。
   • 具体来说，如果非法行医者使用了未经批准、过期、变质或假冒伪劣的药品，市场监督管理部门将依据相关法律法规，对这些药品进行没收、销毁，并对非法行医者进行罚款等行政处罚。

2. 卫生健康行政部门的管理职责：

   • 卫生健康行政部门是非法行医查处工作的主导力量，它负责对各类医疗机构及人员的执业活动进行日常监督检查。在非法行医的查处过程中，卫生健康行政部门也会关注非法行医者使用的药品情况。
   • 如果非法行医者使用的药品存在安全隐患或违反了相关法律法规，卫生健康行政部门将配合市场监督管理部门进行查处，并可能根据具体情况对非法行医者进行进一步的行政处罚。

3. 法律后果与处罚：

   • 非法行医者如果使用了不合格的药品，不仅可能面临市场监督管理部门的行政处罚，还可能因构成非法行医罪而承担刑事责任。特别是当非法行医行为导致就诊人轻度残疾、器官组织损伤或经两次行政处罚后再次非法行医时，将构成非法行医罪，公安机关将依法立案侦查并追究刑事责任。

4. 公众参与与举报：

   • 公众是发现非法行医行为的重要力量。如果发现身边存在非法行医的情况，特别是涉及使用不合格药品的情况，应及时向当地的卫生健康行政部门或市场监督管理部门举报。这有助于维护医疗市场的合法性与安全性，保障人民群众的生命安全和身体健康。

建议与行动指南：

• 如果您发现非法行医行为，特别是涉及使用不合格药品的情况，请立即向当地的卫生健康行政部门或市场监督管理部门举报。
• 如果您或您的家人因非法行医行为受到了伤害，请及时寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

在处理非法行医中使用的药品管理问题时，需要明确各部门的职责和权限，形成合力，以有效遏制非法行医行为的发生。如果您有任何关于医疗医患（事故责任及赔偿）的法律问题，可以直接向我咨询。