承包人提交竣工结算申请单的期限，主要依据发承包双方在合同中的具体约定来确定。以下从不同角度为你详细分析：

合同有明确约定的情况

在建设工程合同中，发承包双方通常会就竣工结算申请单的提交期限作出明确约定。这是最常见也最直接确定期限的方式。例如，合同可能规定承包人应在工程竣工验收合格后的一定天数内（如30天、60天等）提交竣工结算申请单。

• 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。因此，合同中关于竣工结算申请单提交期限的约定，是双方必须遵守的。
• 法律建议：作为承包人，应严格按照合同约定的期限提交竣工结算申请单，以避免因逾期提交而可能产生的法律风险，如被发包人拒绝结算或承担违约责任等。

合同未明确约定的情况

如果合同中没有就竣工结算申请单的提交期限作出明确约定，那么就需要根据相关法律法规和行业惯例来确定。

• 法律背景：虽然《中华人民共和国民法典》等法律法规没有直接规定竣工结算申请单的提交期限，但根据诚实信用原则和公平原则，承包人应在合理期限内提交竣工结算申请单。这个合理期限通常需要根据工程的实际情况、行业惯例以及双方交易习惯等因素来综合判断。
• 行业惯例：在建设工程领域，通常认为承包人应在工程竣工验收合格后的一段时间内（如几个月内）提交竣工结算申请单。但这个时间并不是绝对的，而是需要根据具体情况来确定。
• 法律建议：
  1. 协商确定：在合同未明确约定的情况下，承包人应与发包人进行协商，共同确定一个合理的提交期限。
  2. 及时提交：为了避免因逾期提交而可能产生的法律风险，承包人应尽可能在工程竣工验收合格后尽快提交竣工结算申请单。
  3. 保留证据：在提交竣工结算申请单时，承包人应保留好相关证据，如提交凭证、邮寄记录等，以证明自己已在合理期限内提交了申请单。

特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如工程存在质量问题、发包人未按时支付工程款等，可能会影响承包人提交竣工结算申请单的期限。

• 法律背景：根据相关法律法规和合同约定，如果工程存在质量问题或发包人未按时支付工程款等违约行为，承包人有权要求发包人承担相应的责任，并可能因此影响竣工结算申请单的提交期限。
• 法律建议：
  1. 及时沟通：在出现特殊情况时，承包人应及时与发包人进行沟通，说明情况并协商解决方案。
  2. 调整期限：如果因特殊情况需要调整竣工结算申请单的提交期限，承包人应与发包人协商一致并签订书面协议进行确认。
  3. 寻求法律帮助：如果双方无法就调整期限达成一致意见或发包人存在其他违约行为，承包人可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，承包人提交竣工结算申请单的期限主要依据合同约定来确定。在合同未明确约定的情况下，应根据相关法律法规和行业惯例来确定合理期限。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。