关于承包人提交最终结算申请单的期限，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，双方通常会就结算流程、期限等事项进行明确约定。因此，承包人提交最终结算申请单的期限首先应遵循合同中的具体规定。如果合同中有明确的期限条款，如“承包人应在工程竣工验收合格后XX日内提交最终结算申请单”，则承包人应严格按照该期限执行。

2. 法律法规的补充规定：

   • 如果合同中没有明确约定提交最终结算申请单的期限，或者约定不明确，那么可以参考相关法律法规的规定。虽然具体的法律法规可能因地区和行业而有所不同，但一般来说，法律法规会规定一个合理的期限，以确保结算流程的顺利进行。例如，某些地区可能规定承包人应在工程竣工后的一定时间内（如30日、60日等）提交结算申请。

3. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，为了避免因期限问题而引发的纠纷，承包人应尽早准备并提交最终结算申请单。即使合同中没有明确规定期限，承包人也应主动与发包人沟通，明确结算的时间节点和流程，以确保双方的权益得到保障。
   • 同时，承包人在提交结算申请单时，应确保申请单的内容完整、准确，包括工程量、单价、总价等关键信息，以便发包人能够及时进行审核和确认。

4. 法律后果的提醒：

   • 如果承包人未能在合同约定的期限内或法律法规规定的期限内提交最终结算申请单，可能会面临一定的法律后果。例如，发包人可能会根据合同条款或法律法规的规定，对承包人进行罚款、扣除工程款等处罚。更严重的是，如果因此导致结算流程延误，还可能影响工程的整体进度和双方的合作关系。

总结来说，承包人提交最终结算申请单的期限应首先遵循合同中的具体约定；如果合同中没有明确约定，则应参考相关法律法规的规定；在实际操作中，承包人应尽早准备并提交申请单，以确保结算流程的顺利进行；同时，也要注意避免因期限问题而引发的法律后果。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。