这既可能属于合同纠纷，也可能涉及土地纠纷，具体取决于协议的核心内容与争议焦点。以下从不同角度进行分析：

1. 若协议核心内容围绕土地权属、使用、流转等，且争议焦点在于土地相关权益的归属或履行
   此时纠纷本质是土地权益争议。例如，协议约定一方将土地交由另一方长期使用，或共同开发土地，现因土地权属登记、使用范围、收益分配等问题产生分歧，则属于土地纠纷范畴。根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决，协商不成由政府处理；单位间争议由县级以上政府处理。若争议涉及土地管理法规的适用（如土地征收补偿、非法占地等），则需通过行政程序或行政诉讼解决。

2. 若协议核心内容是双方就某事项达成的合作、交易或权利义务安排，土地仅为协议履行的载体或标的之一，且争议焦点在于协议条款的履行、效力或违约责任
   此时纠纷本质是合同履行争议。例如，协议约定两村共同出资修建道路，一方未按约定出资，或协议约定一方提供土地、另一方支付对价，现因对价支付、土地交付等问题产生分歧，则属于合同纠纷范畴。根据《民法典》合同编，当事人可协商变更或解除合同；协商不成可申请仲裁或提起诉讼，要求继续履行、赔偿损失或承担违约责任。

实务建议：

• 第一步：固定协议证据。收集协议原件、签订时的会议记录、村民代表签字文件等，证明协议真实性及双方合意。
  
• 第二步：明确争议焦点。梳理对方不认可的具体条款（如土地范围、补偿标准、履行期限等），判断争议核心是土地权益还是合同履行。
  
• 第三步：选择解决路径。若涉及土地权属，优先向乡镇政府或自然资源部门申请确权；若涉及合同履行，可直接向法院起诉或根据协议约定申请仲裁。
  

若需进一步分析协议条款或制定应对策略，可直接向我咨询，我会结合具体协议内容与当地政策给出详细建议。