在土地出让金约定中，若双方协议价格高于评估价格，原则上应以协议价格为准，但需结合具体情形判断其法律效力。以下从不同角度展开分析：

1. 合同自由原则下的协议效力
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若双方在平等自愿基础上签订土地出让合同，且协议价格未违反法律强制性规定（如未低于基准地价、未损害国家或公共利益），则协议价格具有法律效力，应优先适用。
   例外情形：若协议价格明显偏离市场价值（如存在欺诈、胁迫、显失公平等情形），受损方可依据《民法典》第147-151条请求撤销或变更合同，此时可能需重新协商或按评估价调整。

2. 行政监管对价格的干预
   土地出让涉及国家利益和公共资源分配，行政机关可能通过以下方式干预价格：

• 基准地价制度：根据《城市房地产管理法》第19条，县级以上政府需制定基准地价并向社会公布。若协议价格低于基准地价，行政机关可能要求补足差价或不予批准出让；但若协议价格高于基准地价，通常不会因“过高”而否定合同效力。
  
• 评估报告的法定地位：在招拍挂出让中，评估价常作为起拍价或底价参考。若双方通过协议出让（如划拨土地补办出让），评估价可能仅作为定价依据之一，最终价格仍以协议为准，但需符合《协议出让国有土地使用权规定》第11条关于“不低于最低价标准”的要求。

1. 税务与财务处理的差异
   

• 契税计税依据：根据《契税法》第4条，土地出让的契税计税依据为“土地权属转移合同确定的成交价格”。若协议价格高于评估价，应以协议价格作为契税计税基础。
  
• 财务审计风险：若企业以协议价入账，需确保价格公允性。若审计机构认为价格虚高（如无合理商业理由），可能要求调整账面价值或披露关联交易，但不影响合同本身的效力。

实务建议：

1. 签订合同前，建议委托专业机构进行市场价值评估，确保协议价格与市场行情匹配，避免后续纠纷。
   
2. 若协议价格显著高于评估价，需在合同中明确约定价格形成依据（如包含配套设施、特殊开发条件等），并留存相关证据。
   
3. 关注地方性法规对土地出让金的特殊规定（如部分城市要求协议出让价格不得高于评估价的120%），避免因违规导致合同无效。
   

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我将为您详细分析。