协议出让土地价格的确定是一个涉及多方面因素和严格程序的过程，主要依据《中华人民共和国城市房地产管理法》及相关规定来执行。以下是对协议出让土地价格如何确定的详细解答：
一、协议出让土地价格的基本原则
协议出让土地价格需遵循政府宏观调控和市场公平的原则，确保国有土地资产的收益，并促进土地市场的健康发展。为此，上级人民政府会设定协议出让国有土地使用权的最低价（以下简称“协议出让最低价”），作为出让金的最低控制标准。
二、协议出让最低价的确定方法
拟定与批准：
- 协议出让最低价由省、自治区、直辖市人民政府土地管理部门拟定。
- 拟定后需报同级人民政府批准，之后下达市、县人民政府土地管理部门执行。
确定依据：
- 协议出让最低价根据商业、住宅、工业等不同土地用途和土地级别的基准地价的一定比例确定。
- 具体适用比例由省、自治区、直辖市确定，但直辖市、计划单列市及省、自治区人民政府所在地的城市的具体适用比例，须报国家土地管理局核准。
- 基准地价按《城镇土地估价规程》确定，且基准地价调整时，协议出让最低价应当作相应调整。
特殊考虑：
- 对于国家支持或重点扶持发展的产业及国家鼓励建设的项目用地，可按行业或项目分类确定不同的协议出让最低价。
- 确定协议出让最低价时，应综合考虑征地拆迁费用、土地开发费用、银行利息及土地纯收益等基本因素。
三、协议出让土地价格的具体计算
有实际成交价的情况：
- 如果土地使用权转让时有实际成交价，且这个价格不低于所在级别基准地价平均标准，那么就按成交价不低于40%的标准计算出让金。
- 如果成交价低于基准地价平均标准，则按全部地价40%计算。
原土地拥有者转让土地补办出让的情况：
有异议的情况：
- 如果通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，可以由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。
划拨土地使用权的情况：
- 划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60%。
- 在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算土地出让金。
四、协议出让土地价格的监督与执行
- 省、自治区、直辖市人民政府土地管理部门应当将确定的协议出让最低价在实施前报国家土地管理局备案。
- 以协议方式出让国有土地使用权的出让金不得低于出让最低价。
- 出让合同签订后，市、县人民政府土地管理部门应当将协议出让国有土地使用权出让金向社会公布。
- 协议出让最低价的执行情况由确定和核准的人民政府土地管理部门负责监督检查。如果出让金低于协议出让最低价，将责令限期改正；逾期不改正的，土地使用权出让合同无效，由此造成的损失由出让方承担，有关责任人员由其所在单位或者上级机关视情节给予行政处分。
综上所述，协议出让土地价格的确定是一个复杂而严谨的过程，涉及多个方面的因素和严格的程序。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。