土地使用权面积应以土地证登记的面积为准，协议内容仅在特定条件下可作为补充依据。具体分析如下：

1. 土地证的法定效力
   根据《民法典》第217条及《不动产登记暂行条例》第8条，土地证（不动产权证书）是土地权利归属及内容的法定证明文件，其登记的土地使用权面积具有公示公信力。在法律层面，土地证登记面积是确定权利范围的核心依据，具有优先效力。

2. 协议的补充作用
   若协议（如出让合同、转让协议）中约定的土地面积与土地证登记不一致，需分情况处理：

   • 登记错误：若因登记机构失误导致土地证面积错误，权利人可依据协议内容申请更正登记（《不动产登记暂行条例实施细则》第79条），此时协议是更正的依据。
     
   • 协议变更未登记：若双方通过协议变更土地面积但未办理变更登记，根据《民法典》第209条，未经登记不发生物权效力，土地证面积仍具有法律效力，协议仅在双方之间产生债权效力（如要求履行变更登记义务）。
     
   • 历史遗留问题：在土地管理法规实施前签订的协议（如1990年《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》施行前），若协议内容符合当时政策且未被后续登记覆盖，可能作为参考，但需结合具体政策及地方规定综合判断。

3. 实务建议

   • 核查登记信息：以土地证登记面积为准，通过不动产登记中心查询最新登记信息，确认是否存在抵押、查封等权利限制。
     
   • 协议与登记一致性审查：若协议与土地证面积不一致，需审查协议是否约定变更登记条款、是否已履行报批手续（如涉及划拨土地转让），以及是否存在欺诈、胁迫等情形。
     
   • 争议解决路径：若对面积有争议，可先通过行政程序申请更正登记；若涉及合同纠纷，可依据协议约定提起民事诉讼，要求赔偿损失或履行变更登记义务。

提示：土地使用权面积争议可能涉及行政、民事交叉法律问题，建议结合具体协议条款、登记历史及地方政策进一步分析。如有进一步疑问，可直接向我咨询。