土地出让面积的确定，原则上以土地证登记面积为准，但双方协议中另有明确且合法约定的除外。具体分析如下：

1. 土地证面积的优先性
   根据《民法典》及《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》，土地使用权出让的面积应以自然资源部门核发的土地证登记面积为准。土地证是土地权属、面积、用途等核心信息的法定证明文件，具有公示公信效力。若双方协议未明确排除土地证面积的效力，则出让面积应以土地证记载为准。

2. 双方协议的补充性
   若双方在协议中明确约定了出让面积的计算方式（如包含附属设施、道路分摊等），且该约定不违反法律强制性规定（如未突破规划红线、未损害公共利益），则协议约定可优先于土地证面积适用。但需注意：

   • 协议需经自然资源部门备案或审批（如涉及规划调整）；
     
   • 协议内容不得与土地证登记信息存在根本性冲突（如土地证记载面积与协议约定面积差异过大，可能引发合同效力争议）。

3. 实务中的风险点

   • 面积误差处理：若土地证面积与协议约定面积存在误差，双方可按《民法典》第605条约定误差处理方式（如按比例调整价款、解除合同等）；
     
   • 规划合规性：若协议约定面积超出土地证范围，可能涉及非法占地风险，需提前通过规划调整、补办出让手续等方式完善合法性；
     
   • 权属争议：若土地证存在瑕疵（如边界不清、面积争议），需先通过行政复议或诉讼解决权属问题，再确定出让面积。

建议：

• 签订土地出让协议前，务必核对土地证登记信息与实地状况，必要时委托专业机构测绘；
  
• 在协议中明确约定面积误差处理方式、规划合规性责任承担条款；
  
• 若涉及复杂权属或规划问题，可进一步向我咨询具体操作方案。