校车公司与员工签订非全日制协议是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合非全日制用工的法定条件。以下从不同角度为你详细分析：
一、非全日制用工的法定条件
根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十八条的规定，非全日制用工是指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位一般平均每日工作时间不超过四小时，每周工作时间累计不超过二十四小时的用工形式。因此，如果校车公司与员工签订的非全日制协议符合上述工作时间限制，且以小时计酬，那么该协议在形式上是合法的。
二、需注意的特殊情形
实际工作时间超标：
- 如果校车公司实际安排员工的工作时间超过了非全日制用工的法定限制（即平均每日超过四小时或每周累计超过二十四小时），那么该协议可能被认定为全日制用工合同，公司需按照全日制用工的标准支付工资、加班费等，并承担相应的社会保险义务。
工资支付周期：
- 非全日制用工的工资支付周期最长不得超过十五日。如果校车公司违反这一规定，按月支付工资，也可能影响非全日制用工性质的认定。
社会保险缴纳：
- 非全日制员工可以以个人身份参加基本养老保险、基本医疗保险，但用人单位通常无需为其缴纳工伤保险（除非地方有特殊规定）。如果校车公司未按照法律规定处理社会保险问题，可能面临法律风险。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果校车公司与员工签订的非全日制协议被认定为无效或不符合法定条件，公司可能面临支付未签书面劳动合同的双倍工资、补缴社会保险、支付经济补偿金等法律责任。
建议：
- 校车公司在与员工签订非全日制协议前，应仔细审查协议内容，确保符合非全日制用工的法定条件。
- 实际工作中，应严格控制员工的工作时间，避免超时用工。
- 按时支付工资，并确保工资支付周期符合法律规定。
- 咨询当地社保部门，了解非全日制员工的社会保险缴纳政策，并依法处理。
总结来说，校车公司与员工签订非全日制协议是否合法，关键在于是否符合非全日制用工的法定条件。如果符合，则协议合法；如果不符合，则可能面临法律风险。如果你或校车公司在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。