单位一般不能直接就毕业证造假行为本身提起民事诉讼，但单位可依据内部规定处理员工，若因毕业证造假给单位造成损失，单位可追究赔偿责任；若涉及违法犯罪，单位可向相关部门举报。以下从不同角度为你详细分析：
从民事诉讼角度
- 单位难以直接起诉要求确认毕业证真假或撤销劳动关系
- 毕业证造假主要涉及个人诚信和学历真实性问题，单位与员工之间基于劳动合同形成的是劳动关系。单位不能直接以毕业证造假为由向法院提起民事诉讼，要求法院确认毕业证的真假或者单纯以毕业证造假为由撤销与员工的劳动关系。因为这并非典型的民事侵权纠纷或者合同纠纷的直接诉求。
- 不过，如果单位在招聘时明确将真实学历作为录用条件，并且员工在入职时提供了虚假的毕业证，单位可以依据《劳动合同法》的规定，以员工不符合录用条件为由解除劳动合同，但这属于单位内部的人事管理范畴，通常不需要通过民事诉讼来解决。
- 单位可起诉要求赔偿损失
- 如果员工使用造假的毕业证入职后，给单位造成了经济损失，例如因为员工不具备相应的专业能力而导致项目失败、产生额外的培训成本等，单位可以以侵权为由向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。在这种情况下，单位需要提供充分的证据证明员工的毕业证造假行为与单位遭受的损失之间存在因果关系。
从行政和刑事角度
- 行政举报
- 单位可以向教育行政部门或者相关监管机构举报员工的毕业证造假行为。教育行政部门有权对制作、使用假毕业证的违法行为进行查处，对涉假的学校、教育机构等进行行政处罚，如罚款、吊销办学许可证等。
- 刑事举报
- 如果毕业证造假行为涉嫌犯罪，例如伪造事业单位印章罪等，单位可以向公安机关报案。根据《刑法》规定，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。公安机关会依法进行侦查，追究相关人员的刑事责任。
从单位内部管理角度
单位可以依据内部规章制度对使用造假毕业证的员工进行处理。例如，单位可以在规章制度中明确规定，提供虚假学历证明属于严重违反规章制度的行为，单位可以据此解除劳动合同且无需支付经济补偿。在处理时，单位需要确保规章制度的制定程序合法，并且已经向员工进行了公示或告知。
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