结论：工程款纠纷诉讼中，农民工能否直接要求从农民工专户支付工资需分情况讨论，核心取决于专户资金性质、工资发放条件及法律程序要求。以下是具体分析：

1. 若专户资金明确为“已发放的农民工工资”

若农民工专户中的资金已按《保障农民工工资支付条例》规定，由建设单位或总包单位足额存入，且工资已通过专户发放至农民工个人账户（如银行卡），则该资金已属于农民工个人财产，无需通过诉讼主张。此时若工程款纠纷涉及其他款项（如材料款、利润等），与农民工工资无关，农民工无需参与诉讼即可直接支配已到账工资。

2. 若专户资金为“待发放的农民工工资”

若工程款纠纷导致专户资金被冻结或扣划，而农民工尚未领取工资，需分两步处理：

• 第一步：确认工资发放条件
  根据《条例》第31条，专户资金应专项用于支付农民工工资，不得因工程款纠纷被查封、冻结或划拨。若法院因工程款纠纷冻结专户，农民工可向法院提出执行异议，主张专户资金优先用于支付工资，并提供劳动合同、考勤记录、工资表等证据证明工资未发放。
  
• 第二步：通过法律程序主张权利
  若专户资金因工程款纠纷被错误扣划，农民工可单独起诉要求返还工资，或申请参与工程款纠纷诉讼的分配程序（如作为有独立请求权的第三人），主张工资优先受偿权。实践中，法院通常会优先保障农民工工资支付，但需以专户资金未被混同为前提。

3. 若专户资金被混同或挪用

若建设单位或总包单位未将工程款中的工资部分单独存入专户，或挪用专户资金用于其他用途，导致农民工工资未支付，则农民工可：

• 直接起诉要求支付工资：以用人单位（如包工头、分包单位）为被告，要求支付拖欠工资及赔偿金；
  
• 申请劳动监察介入：向当地人社部门投诉，要求责令限期支付工资；
  
• 追究相关方责任：若挪用专户资金涉及刑事犯罪（如拒不支付劳动报酬罪），可向公安机关报案。

关键提醒

农民工专户制度的核心是“专款专用”，但实践中需注意：

• 保留好劳动合同、工资条、考勤记录等证据，证明劳动关系及工资标准；
  
• 及时关注专户资金动态，若发现工资未按时发放，立即向劳动监察部门或法院反映；
  
• 工程款纠纷诉讼中，若涉及专户资金，可主动申请参与诉讼或提出执行异议，维护自身权益。
  

如有具体案件细节（如专户资金是否被冻结、工资是否已发放等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析具体操作路径。