农民工讨要工资是否可以直接在法院起诉，这取决于具体情况。以下我将从不同角度为您详细分析：
一、可以直接起诉的情形
持有工资欠条且不涉及其他劳动争议
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第十五条，如果农民工持有用人单位出具的工资欠条，且诉讼请求不涉及劳动关系其他争议（如未签订劳动合同的双倍工资、经济补偿金等），可以直接向法院起诉。此时，法院将按照普通民事纠纷受理。
- 实例说明：假设农民工李某为某建筑公司工作，公司因资金周转问题给李某出具了工资欠条，明确写明了欠薪金额和还款日期。若到期未支付，李某可直接持该欠条向法院起诉，法院会按普通民事案件处理。
达成调解协议且用人单位不履行
- 法律依据：依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第十六条，如果农民工与用人单位就拖欠工资问题达成调解协议，但用人单位在协议约定期限内不履行，农民工可以持调解协议书依法向人民法院申请支付令。
- 实例说明：如农民工王某与所在公司就拖欠工资问题达成调解协议，但公司未按期履行，王某可持调解协议书向法院申请支付令，要求公司支付拖欠的工资。
二、不能直接起诉的情形
- 涉及劳动关系其他争议
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人应先向劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，才可向人民法院提起诉讼。这意味着，如果农民工的诉讼请求不仅涉及拖欠工资，还涉及其他劳动争议（如未签订劳动合同的双倍工资、违法解除劳动合同的赔偿金等），则需要先经过劳动仲裁程序。
- 实例说明：例如，农民工张某不仅被拖欠工资，还认为公司未与其签订劳动合同应支付双倍工资。这种情况下，张某需先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，方可向法院起诉。
三、直接起诉的注意事项
- 证据收集：无论是否可以直接起诉，农民工在起诉前都应尽可能收集相关证据，如工资条、考勤记录、工作证、服务证、招工招聘登记表、报名表、证人证言等，以证明自己的劳动关系和欠薪事实。
- 诉讼时效：农民工应注意诉讼时效问题，确保在法定时效期内提起诉讼。一般来说，劳动争议案件的诉讼时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 法律程序：如果农民工选择直接起诉，应确保符合起诉条件，并准备好起诉状和相关证据。如果涉及劳动仲裁前置程序，则应按照仲裁程序的要求进行申请和参与。
四、建议与总结
- 建议：农民工在遇到工资问题时，首先尝试与用人单位协商解决；协商无果时，可根据具体情况选择向劳动争议调解委员会申请调解、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或直接向法院起诉（如有工资欠条且不涉及其他劳动争议）。
- 总结：农民工讨要工资能否直接在法院起诉，取决于是否持有工资欠条且不涉及其他劳动争议，或者是否达成调解协议且用人单位不履行。如果涉及其他劳动争议，则需要先经过劳动仲裁程序。在整个过程中，农民工应注重证据收集、注意诉讼时效，并遵循法律程序进行维权。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在讨要工资过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助和指导。