结论：员工工资5000元，预支200元后离开是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论。
分析：
预支工资的性质与约定：
- 预支工资通常被视为员工与公司之间的一种借款或预支行为，其合法性及后续处理主要取决于双方之间的约定以及公司的规章制度。
- 如果员工在预支工资时与公司有明确的书面或口头约定，比如约定了预支的金额、还款时间、方式等，并且员工在离职时按照约定进行了还款或处理，那么这种行为通常是合法的。
员工离职时的处理：
- 如果员工在预支工资后未经公司同意擅自离职，并且未按照约定归还预支的工资，那么这种行为可能构成违约，公司有权要求员工归还预支的工资，并可能根据公司的规章制度或劳动合同中的约定追究员工的违约责任。
- 如果员工在离职时已经按照约定归还了预支的工资，或者公司同意员工在离职时无需立即归还（如有其他安排），那么这种行为就不构成违法。
法律后果：
- 如果员工未按照约定归还预支的工资，公司可以通过法律途径（如起诉）要求员工归还，并可能要求员工承担因违约而产生的额外费用（如诉讼费、律师费等）。
- 在极端情况下，如果员工的违约行为给公司造成了重大损失，公司还可能要求员工承担赔偿责任。
建议：
- 对于员工而言，在预支工资前应与公司明确约定预支的金额、还款时间、方式等，并在离职时按照约定进行处理，以避免不必要的法律纠纷。
- 对于公司而言，应建立健全的预支工资管理制度，明确预支的条件、程序、还款方式等，并在员工离职时及时与员工结算预支的工资，以维护公司的合法权益。
举例：
假设员工A与公司约定预支工资200元，用于应急，并承诺在下次发工资时归还。如果员工A在离职时已经按照约定归还了这200元，那么他的行为就是合法的。但如果员工A离职时未归还这200元，并且公司无法与其取得联系或员工拒绝归还，那么公司就有权通过法律途径要求员工A归还这200元，并可能要求其承担额外的费用。
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