结论：国有公司项目“先结算后补工程”是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
符合合同约定与法律规定：
- 如果国有公司与承包方在合同中明确约定了“先结算后补工程”的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种做法是合法的。
- 例如，双方约定在工程完工前，根据工程进度进行阶段性结算，并支付相应款项，待工程全部完工并验收合格后，再补签最终的工程合同或补充协议，明确双方的权利义务。这种做法在实务中并不罕见，只要合同内容合法合规，且双方自愿，就是有效的。
符合行业惯例与交易习惯：
- 在某些特定行业或领域，可能存在“先结算后补工程”的交易习惯或行业惯例。如果这种做法在该行业或领域内被广泛接受，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么也可以认为是合法的。
二、违法情形
违反招投标法规定：
- 如果国有公司项目属于必须进行招投标的范围，而双方未按照法定程序进行招投标，而是直接“先结算后补工程”，那么这种做法是违法的。
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的规定，必须进行招投标的项目，应当按照法定程序进行招标、投标、开标、评标和中标等环节，确保公平、公正、公开。如果违反这些规定，可能会面临行政处罚，甚至承担刑事责任。
存在利益输送或腐败行为：
- 如果“先结算后补工程”的做法背后存在利益输送、贪污受贿等腐败行为，那么这种做法不仅是违法的，还可能构成犯罪。
- 例如，国有公司相关人员利用职务便利，为承包方谋取不正当利益，并收受其财物；或者承包方通过行贿等手段获取工程合同或结算款项等。这些行为都严重违反了法律、行政法规的规定，应当受到法律的制裁。
损害国家利益或社会公共利益：
- 如果“先结算后补工程”的做法导致国有资产流失、工程质量问题等后果，损害了国家利益或社会公共利益，那么这种做法也是违法的。
- 例如，国有公司未按照合同约定对工程进行验收就支付结算款项，导致工程质量不达标；或者承包方通过虚假结算等手段骗取国有资产等。这些行为都可能构成违法或犯罪行为。
三、法律建议
严格遵守法律法规：
- 国有公司在进行项目建设时，应当严格遵守相关法律法规的规定，确保招投标程序的合法性和合规性。
完善合同条款：
- 在签订工程合同时，应当明确约定结算方式、时间节点等条款，避免出现“先结算后补工程”等模糊不清或存在法律风险的条款。
加强内部监督与管理：
- 国有公司应当建立健全内部监督机制和管理制度，加强对项目建设过程的监督和管理，防止出现利益输送、贪污受贿等腐败行为。
及时咨询专业律师：
- 如果对“先结算后补工程”等做法存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师的意见和建议，以确保合法合规地进行项目建设。
最后，国有公司项目“先结算后补工程”是否合法需结合具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。