结论：员工当年年休假没有在有效期内休完，并不算自动放弃。具体处理需根据法律法规和实际情况来判断，单位应保障职工享受年休假的权利，如未安排休假，则需依法支付相应的补偿。
详细分析
一、法律法规基础
年休假资格与安排：
- 根据《职工带薪年休假条例》第三条，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。
- 年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。
未休年休假的处理：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。但对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300％支付年休假工资报酬。
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法（2008年版）》第十条，用人单位安排职工休年休假，但是职工因本人原因且书面提出不休年休假的，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入。这意味着，只有在职工明确书面表示不休年休假时，才能视为其放弃该权利。
二、不同情况下的处理
单位未作安排的情况：
- 如用人单位未对职工的年休假作出统筹安排，即使年休假到期未使用，也不能视为职工自动放弃。此时，用人单位需按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬（含正常工作期间的工资收入）。
- 举例：公司因业务繁忙未对员工小李的年休假进行安排，年底时小李的年休假未使用，公司应支付相应报酬，不能视为小李自动放弃。
职工因工作原因未能休假的情况：
- 若职工因工作需要，经单位批准未能在年休假期间休假，同样不能视为职工自动放弃年休假。特殊行业如医疗、消防等，可能因工作特殊性导致职工在年休假期间加班，这种情况下年休假未使用也不应视为放弃。
单位已安排且职工放弃的情况：
- 用人单位已作出年休假安排，并书面征求职工本人意见，职工明确表示放弃的，方可视为职工自动放弃年休假。
- 举例：公司提前通知员工小张安排其休年休假，并书面询问意见，小张回复因个人原因不想休假，此时可视为小张自动放弃。
三、单位的责任与职工的权益
单位责任：
- 单位应当保证职工享受年休假，如未安排休假又不依照规定给予年休假工资报酬，职工有权向相关部门投诉并寻求法律救济。
- 建议用人单位建立完善的年休假管理制度，确保职工权益得到充分保障，并避免潜在的劳动纠纷。
职工权益：
- 年休假到期未使用并不等同于自动放弃，职工仍有权要求单位安排休假或支付相应的补偿。
- 建议职工在遇到此类问题时，积极与单位进行沟通协商，以维护自己的合法权益。
总结与建议
综上所述，员工当年年休假没有在有效期内休完，并不算自动放弃。单位应依法安排职工年休假，确保职工享受这一法定权利。若因工作需要不能安排，应依法支付相应的年休假工资报酬。同时，建议职工了解自己的权利，积极与单位沟通协商，共同维护良好的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。