核心结论：针对您目前的情况，建议从以下两个方向处理：1. 核查公司加班工资支付制度与劳动合同约定；2. 与员工协商或依法调整加班工资计算方式。以下是具体分析：

1. 核查公司加班工资支付制度与劳动合同约定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，加班工资的计算标准如下：

• 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬；
• 休息日加班：若不能安排补休，支付不低于工资的200%的工资报酬；
• 法定节假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。

您需要首先核查以下内容：

• 公司规章制度：公司是否有明确的加班工资支付制度，且该制度是否符合上述法定标准？
• 劳动合同约定：劳动合同中是否对加班工资的计算方式有明确约定？若约定高于法定标准（如每小时40元），则以约定为准；若约定低于法定标准，则以法定标准为准。
• 实际支付情况：公司是否按照制度或合同约定实际支付了加班工资？若未支付或支付不足，员工有权要求补足差额。

若公司制度或合同约定符合法定标准，但员工仍提出异议：

• 可能是员工对加班工资的计算方式存在误解（如未区分工作日、休息日或法定节假日）。
• 建议与员工沟通，明确加班时间类型，并解释加班工资的计算依据。

2. 与员工协商或依法调整加班工资计算方式

若公司制度或合同约定不符合法定标准：

• 协商调整：与员工协商，按照法定标准重新计算加班工资，并补足差额。
• 依法调整：若协商不成，员工可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，公司可能面临补发加班工资、支付经济补偿金等法律责任。

若公司希望维持每小时40元的加班工资标准：

• 需确保该标准不低于法定最低标准（即每小时工资的150%、200%或300%）。
• 例如：若员工正常时薪为20元/小时，则工作日加班工资应为30元/小时（20×150%），休息日加班工资应为40元/小时（20×200%），法定节假日加班工资应为60元/小时（20×300%）。
• 若公司直接按40元/小时支付加班工资，需确保该标准不低于上述法定计算结果，否则需补足差额。

建议行动步骤

1. 立即核查：检查公司制度、劳动合同及加班工资支付记录，确认是否符合法定标准。
2. 与员工沟通：向员工解释加班工资的计算依据，消除误解。
3. 依法调整：若存在不足，及时补发加班工资，避免法律风险。
4. 完善制度：未来在制定或修订公司制度时，确保加班工资标准符合法律规定，并在劳动合同中明确约定。

如有进一步疑问或需要具体计算加班工资，欢迎随时向我咨询。