针对施工工人做假的考勤恶意投诉这一问题，您可以按照以下步骤进行处理：
收集并固定证据：
- 首先，您需要收集所有能证明工人考勤造假的证据，包括但不限于监控录像、考勤记录、工作日志、同事证言等。这些证据应当真实、合法且能够相互印证，以形成完整的证据链。
- 特别注意，对于电子数据证据，如考勤系统的记录，应确保其未被篡改，并保留好原始载体或备份。
内部调查与沟通：
- 在掌握充分证据后，您可以先进行内部调查，了解工人考勤造假的具体原因和背景。
- 与涉事工人进行沟通，明确告知其考勤造假的行为已经违反了公司规定和劳动纪律，并要求其停止恶意投诉行为。
- 如果工人承认错误并愿意改正，您可以考虑给予一定的宽限期或警告处理；如果工人拒不承认或继续恶意投诉，则需要采取进一步措施。
向相关部门举报：
- 如果工人的考勤造假行为严重影响了公司的正常运营或造成了经济损失，您可以向当地的建设行政主管部门（如住房和城乡建设局）或劳动监察部门进行举报。
- 举报时，应提供详细的证据材料和情况说明，以便相关部门能够及时介入调查并处理。
考虑法律途径：
- 如果工人的恶意投诉行为已经构成了诽谤、诬告陷害等违法行为，您可以考虑向公安机关报案或向法院提起诉讼。
- 在提起诉讼前，建议您咨询专业律师（即我，刁成路律师，专注于合同纠纷领域），以评估案件的胜诉可能性和法律风险。
加强公司管理：
- 为了防止类似事件再次发生，您应加强公司的考勤管理和监督机制，确保考勤数据的真实性和准确性。
- 同时，加强对员工的法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和诚信意识。
在处理过程中，您还需要注意以下几点：
- 保护自身权益：在处理工人考勤造假和恶意投诉问题时，您应确保自己的合法权益不受侵害。如果工人采取威胁、报复等手段，您应及时向相关部门报告并寻求帮助。
- 遵守法律法规：在处理过程中，您应严格遵守国家法律法规和公司规定，不得采取非法手段进行报复或打压工人。
- 保持冷静和客观：面对工人的恶意投诉和可能的舆论压力，您应保持冷静和客观，以事实为依据、以法律为准绳进行处理。
最后，如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于合同纠纷领域的律师，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。