公司年度体检中进行乙肝检测，这一行为是否合法，需分情况讨论：
一般情况下的不合法性
- 根据《就业服务与就业管理规定》第十九条，用人单位招用人员，除国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。这意味着，在大多数常规工作场景下，公司不得将乙肝检测作为员工体检的必检项目。
- 此外，从保护员工隐私的角度出发，乙肝检测结果属于个人敏感信息，公司未经员工同意擅自进行检测并可能泄露检测结果，可能侵犯员工的隐私权。
特定情况下的合法性
- 如果员工从事的是国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作（如食品加工、幼教等特定行业），那么公司进行乙肝检测可能是合法的，但这也需要严格遵循相关法律法规的规定，并确保检测的必要性、合理性和保密性。
- 在某些特殊情况下，如员工自愿接受乙肝检测，或者公司基于合理的健康管理目的（如预防传染病在员工间的传播，但需确保不侵犯员工隐私权），并事先征得员工同意，那么进行乙肝检测也可能被视为合法。但这种情况下的合法性高度依赖于员工的同意和检测目的的合理性。
法律建议：
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规，避免在常规体检中擅自增加乙肝检测项目，以免引发法律纠纷和侵犯员工权益。
- 如果公司确实需要进行乙肝检测（如特定行业要求），应事先征得员工同意，并确保检测的必要性、合理性和保密性。同时，公司应建立健全的员工健康管理制度，保护员工的隐私权和个人信息安全。
- 对于员工而言，如果发现公司擅自进行乙肝检测或泄露检测结果，可以依法维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。
可能后果：
- 如果公司擅自进行乙肝检测并侵犯员工权益，可能面临劳动监察部门的处罚、员工的劳动仲裁或诉讼索赔等法律后果。
- 对于员工而言，如果因公司擅自检测乙肝而遭受损失（如就业歧视、隐私泄露等），可以依法要求公司承担相应的赔偿责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。