结论：员工能否起诉公司需分情况讨论，主要取决于偷税漏税行为是否直接侵害了员工的合法权益。若未直接侵害，员工一般不能直接起诉；若存在直接侵害，员工可依法维权。以下是具体分析：

1. 偷税漏税与公积金补缴的关联性
   偷税漏税是公司违反税收法律法规的行为，而公积金补缴是公司未依法为员工缴纳住房公积金的违法行为。两者虽可能同时存在，但属于不同法律关系。若公司已补缴公积金，说明其已履行了公积金方面的法定义务，此时员工不能以“未缴公积金”为由起诉公司。

2. 员工能否起诉公司的核心条件
   员工起诉公司需满足“自身合法权益受到侵害”这一前提。例如：

   • 若公司偷税漏税导致员工工资、奖金等收入减少（如通过虚报成本降低应发工资），员工可主张公司补足差额并赔偿损失；
     
   • 若公司偷税漏税行为被税务机关处罚，导致员工个人信用受损（如被列入失信名单），员工可主张公司消除影响、赔偿损失；
     
   • 若公司偷税漏税行为与员工无关，且未对员工造成直接损害，员工一般无权起诉。

3. 员工可采取的合法途径

   • 举报偷税漏税：向税务机关举报公司违法行为，由税务机关依法查处；
     
   • 主张公积金权益：若公司未足额补缴公积金，员工可向住房公积金管理中心投诉，要求公司补缴；
     
   • 劳动争议仲裁/诉讼：若公司行为侵害了员工劳动权益（如克扣工资、未缴社保等），员工可申请劳动仲裁或提起诉讼。

建议：若您认为公司行为侵害了您的合法权益，建议收集相关证据（如工资条、公积金缴纳记录、公司偷税漏税的证明材料等），并进一步向我咨询具体维权方案。