针对您提出的“离职三年后可以起诉公司补公积金吗”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，要明确的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，这是公司的法定义务，不得逾期缴存或者少缴。如果您在离职后发现原单位在其在职期间未足额缴存住房公积金，您确实有权要求公司进行补缴。
关于您提到的“离职三年后”这一时间点，虽然劳动争议的仲裁时效通常为一年，但这主要针对的是劳动争议中的某些具体诉求，如工资、加班费等。对于公积金的补缴问题，它并不完全受这一时效的限制。因为公积金的补缴是基于公司的法定义务，只要公司存在未足额缴存的事实，您就有权要求补缴，无论离职多久。
在实际操作中，您可以采取以下步骤来维护自己的权益：
与公司沟通：首先，您可以尝试与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，明确提出补缴公积金的要求，并要求他们确认并补缴这部分公积金。
向公积金管理中心投诉：如果公司拒绝缴纳或未给予明确答复，您可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉。公积金管理中心有权责令公司限期缴存，并对逾期不缴的公司进行处罚。
申请人民法院强制执行：如果公司逾期仍不缴存公积金，您还可以向人民法院申请强制执行，通过法律手段来维护自己的权益。
在投诉或申请强制执行时，您需要提供相关证据来证明您与公司之间存在劳动关系，以及公司未按照规定为您缴纳公积金的事实。这些证据可以包括工资单、劳动合同、社保缴纳记录等。
综上所述，离职三年后您仍然有权要求公司补缴公积金。如果公司拒绝缴纳或未给予明确答复，您可以向公积金管理中心投诉或向人民法院申请强制执行。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。