结论概述：合资打造的水井被征用时，仅填写一个户主可能存在法律风险，且后续责任需根据具体情况分析。以下从法律关系、责任承担及建议措施三个角度进行详细阐述。

一、法律关系分析

1. 合资水井的权属认定
   根据《民法典》第二百九十七条，不动产或动产可以由两个以上组织、个人共有。若水井由多方合资建造，其权属应属于全体合资方共有，而非单一户主。征用时，补偿对象应为全体共有人，而非仅登记的户主。

2. 征用程序的合法性
   征用需遵循《土地管理法》第四十七条规定的程序，包括公告、听证、补偿安置等。若仅填写一个户主，可能涉嫌程序违法，损害其他共有人权益。

二、责任承担分析

1. 若仅填写一个户主

   • 对其他共有人的责任：户主可能构成无权处分，需向其他共有人赔偿其应得补偿份额。
     
   • 对征用方的责任：若征用方未尽审查义务，可能面临行政诉讼风险，要求重新补偿或确认程序违法。
     
   • 刑事风险：若户主通过虚假登记骗取补偿，可能涉嫌诈骗罪（《刑法》第二百六十六条）。

2. 若征用方已尽审查义务

   • 征用方可能仅对登记户主进行补偿，其他共有人需通过民事诉讼向户主追偿。

三、建议措施

1. 明确权属登记

   • 合资方应共同办理水井的权属登记，明确共有比例（如按出资比例）。
     
   • 若已登记为单一户主，需通过书面协议（如《共有权确认书》）明确其他共有人权益。

2. 征用补偿协商

   • 全体共有人应共同与征用方协商补偿方案，确保补偿款按共有比例分配。
     
   • 示例：若三方合资（A出资40%、B出资30%、C出资30%），补偿款应按此比例分配。

3. 法律程序保障

   • 若征用方拒绝承认共有关系，可提起行政诉讼，要求撤销原补偿决定并重新安置。
     
   • 若户主独占补偿款，其他共有人可提起民事诉讼，主张分割共有财产（《民法典》第三百零三条）。

四、风险提示

• 时效风险：行政诉讼需在知道征用决定之日起6个月内提起（《行政诉讼法》第四十六条）。
  
• 证据保留：需保存合资协议、出资凭证、水井建造合同等证据，以证明共有关系。

总结：合资水井被征用时，仅填写一个户主可能引发多重法律风险。建议全体共有人共同参与征用程序，明确权属并协商补偿分配。如有争议，可进一步向我咨询具体法律方案。