合作协议中限制企业迁出的条款是否违反《公平竞争审查条例》的规定，需结合具体条款内容及审查标准综合判断，但一般情况下，若该限制无合理理由且排除、限制了竞争，则可能违反相关规定。以下从多个角度进行分析：
一、从《公平竞争审查条例》的立法目的和原则出发
《公平竞争审查条例》旨在规范政府及其有关部门在制定市场准入和退出、产业发展、招商引资等涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件以及其他政策措施时，应当进行公平竞争审查，以保障各类市场主体平等使用生产要素、公平参与市场竞争、同等受到法律保护，激发市场活力，提高资源配置效率，推动大众创业、万众创新，促进实现创新驱动发展和经济持续健康发展。若合作协议中的限制迁出条款，实质上构成了对市场主体自由迁徙权的限制，且这种限制没有合理的正当理由，如基于公共安全、环境保护等特殊考虑，那么该条款可能违反了《公平竞争审查条例》所倡导的公平竞争原则。
二、从限制迁出条款的具体内容分析
限制迁出的合理性：
- 如果限制迁出是基于合理的商业考虑，如保护合作双方的共同利益、确保合作项目的顺利进行等，且这种限制在合作协议中有明确的约定，且不违反法律法规的强制性规定，那么该条款可能是合法的。
- 如果限制迁出没有合理的商业理由，或者限制过于苛刻，导致企业无法根据市场变化或自身发展需要自由迁徙，那么该条款可能构成对公平竞争的限制。
限制迁出的影响范围：
- 如果限制迁出仅针对合作协议中的特定企业，且不影响其他市场主体的公平竞争，那么该条款的违法性可能相对较低。
- 如果限制迁出具有普遍性，即对所有或大多数市场主体都产生限制作用，且这种限制没有合理的正当理由，那么该条款更可能违反《公平竞争审查条例》的规定。
三、从法律后果和救济途径考虑
法律后果：
- 如果合作协议中的限制迁出条款被认定为违反《公平竞争审查条例》的规定，那么该条款可能面临被宣告无效或被撤销的法律后果。
- 同时，相关企业或个人还可能因违反公平竞争原则而承担相应的法律责任，如赔偿损失、罚款等。
救济途径：
- 如果企业认为合作协议中的限制迁出条款违反了《公平竞争审查条例》的规定，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式寻求救济。
- 在诉讼过程中，法院将根据相关法律法规和案件事实，对限制迁出条款的合法性进行审查，并作出相应的判决。
四、实际操作建议
在签订合作协议前：
- 企业应仔细审查合作协议中的各项条款，特别是涉及市场准入和退出、限制竞争等方面的条款。
- 如果发现限制迁出等可能违反《公平竞争审查条例》的条款，应及时与对方协商修改或删除。
在合作协议履行过程中：
- 如果企业因限制迁出条款而面临不公平的竞争环境或法律风险，应及时寻求法律救济。
- 同时，企业也可以向相关政府部门或行业协会反映情况，寻求支持和帮助。
总结来说，合作协议中限制企业迁出的条款是否违反《公平竞争审查条例》的规定，需根据具体条款内容、限制的合理性及影响范围等因素综合判断。企业在签订和履行合作协议时，应密切关注相关法律法规的变化和监管要求，确保自身行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。