员工超过90天病假，其工资计算及处理方式主要依据相关法律法规及公司规章制度来确定，以下分情况说明：

1. 医疗期内的工资支付：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为3个月到24个月不等。
   • 在医疗期内，员工享有病假工资或疾病救济费。具体支付标准通常依据公司规章制度或劳动合同的约定，但不得低于当地最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，则员工在医疗期内的病假工资至少应为1600元/月。

2. 医疗期满后的处理：

   • 如果员工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。
   • 在解除劳动合同前，用人单位应支付员工经济补偿金，经济补偿金的标准按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果员工因患病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依照《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在医疗期内，除非员工有严重违反公司规章制度等法定解除情形，否则用人单位不得随意解除劳动合同。
   • 如果员工医疗期满后，因身体原因无法继续工作，且符合领取失业保险金的条件，还可以申请领取失业保险金以保障基本生活。

建议与注意事项：

• 对于员工而言，应了解自己的医疗期长度及病假工资支付标准，确保自己的合法权益不受侵害。
• 对于用人单位而言，应制定完善的病假管理制度，明确病假申请流程、病假工资支付标准等，以避免因处理不当而引发的劳动纠纷。
• 在处理员工病假问题时，用人单位应遵循合法、合理、公平的原则，确保员工的合法权益得到保障的同时，也维护公司的正常运营秩序。

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