结论：关于员工突然离职对公司造成损失时，扣除的20%是底薪的20%还是工资的20%，这并非一个固定的法律标准，而是需要根据具体情况、公司规章制度以及劳动合同的约定来确定。不过，我可以从几个角度为你详细分析这个问题。

1. 劳动合同与公司规章制度：

   • 首先，要查看劳动合同中是否有关于员工离职造成损失时赔偿的具体条款。如果合同中有明确规定，比如扣除的是工资的20%或者底薪的20%，那么应当按照合同执行。
   • 其次，公司规章制度也是重要的参考依据。如果公司规章制度中明确规定了员工离职造成损失时的赔偿方式，且该制度已经经过民主程序制定并公示，那么该制度对员工具有约束力。

2. 法律原则与合理性：

   • 从法律原则出发，赔偿应当与损失相当。如果员工突然离职确实给公司造成了损失，公司有权要求员工进行赔偿。但是，赔偿的金额应当合理，不能过高或过低。
   • 在确定赔偿金额时，需要考虑员工的工资水平、离职对公司造成的实际损失、员工的过错程度等因素。如果扣除的20%过高，可能被视为不合理，从而引发劳动争议。

3. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，建议公司先与员工进行协商，就赔偿金额达成一致。如果协商不成，公司可以依据劳动合同和公司规章制度，通过法律途径解决争议。
   • 同时，公司也应当加强内部管理，完善劳动合同和规章制度，明确员工离职造成损失时的赔偿方式和标准，以减少类似争议的发生。

4. 假设性计算示例（仅用于说明，非实际法律建议）：

   • 假设员工月工资为10000元，其中底薪为6000元，绩效工资为4000元。如果公司规定扣除的是工资的20%，那么应扣除的金额为2000元（10000元 * 20%）。
   • 如果公司规定扣除的是底薪的20%，那么应扣除的金额为1200元（6000元 * 20%）。

进一步思考：

• 在处理此类问题时，公司应当注重证据的收集和保存，比如员工离职的书面通知、公司因此遭受的损失证明等。
• 同时，公司也应当了解并遵守相关法律法规，避免因为处理不当而引发更大的法律风险。

如果你有具体的劳动合同、公司规章制度或者损失证明等材料，可以提供给我，我可以为你提供更具体的法律建议。