结论：公司6月发通知调整绩效考核制度，但从3月开始执行，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，若未经合法程序且未与员工协商一致，该做法不合法。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同变更的角度
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”
分析：
- 绩效考核制度通常作为劳动合同的附件或组成部分，对员工的薪酬、晋升等有重要影响。
- 若公司未经与员工协商一致，单方面调整绩效考核制度，并从3月开始执行，这实际上是对劳动合同内容的变更。
- 未经合法程序变更劳动合同，该变更行为可能无效，员工有权拒绝执行新的绩效考核制度。
二、从程序合法性的角度
法律依据：
- 绩效考核制度的调整通常涉及员工的切身利益，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
分析：
- 若公司在6月才发布通知调整绩效考核制度，但要求从3月开始执行，这明显缺乏事先的协商和讨论程序。
- 未经合法程序制定的或调整的规章制度，对员工不具有约束力，员工可以拒绝执行。
三、从实际执行的角度
- 分析：
- 即使公司认为新的绩效考核制度更加合理或公平，但如果未经合法程序且未与员工协商一致，员工在不知情或不同意的情况下被执行新的制度，可能引发劳动争议。
- 员工有权要求公司按照原绩效考核制度执行，或者要求公司就新的绩效考核制度进行协商并达成一致。
四、建议
对于公司：
- 在调整绩效考核制度前，应充分与员工进行协商和讨论，确保程序的合法性。
- 若需变更劳动合同内容，应采用书面形式，并确保双方签字确认。
对于员工：
- 若发现公司未经协商一致单方面调整绩效考核制度，可以与公司进行沟通协商，要求按照原制度执行或就新制度进行协商。
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：公司6月发通知调整绩效考核制度，但从3月开始执行，这一做法在未经合法程序且未与员工协商一致的情况下，是不合法的。公司应遵守相关法律法规，确保程序的合法性和员工的知情权、参与权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。