核心结论：公司违法所得清算时，员工权益的处理需分情况讨论，主要涉及工资支付、经济补偿、社保缴纳及可能的赔偿问题。以下是具体分析：

1. 工资支付与优先权
   根据《公司法》及《企业破产法》相关规定，公司清算时，员工工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等属于优先清偿的债权范围（第一顺位）。即使公司存在违法所得，也应优先保障员工工资支付。若清算财产不足以清偿全部工资，员工可按比例受偿，但需在清算程序中申报债权。

2. 经济补偿与赔偿

   • 合法解除劳动合同：若公司因违法被清算导致劳动合同终止，员工有权依据《劳动合同法》第44条、46条要求经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 违法解除劳动合同：若公司存在违法解除行为（如未提前通知、未支付补偿等），员工可主张赔偿金（经济补偿标准的2倍）。
     
   • 违法所得与赔偿关联：若公司违法所得涉及员工权益（如克扣工资、未缴社保等），员工可要求将违法所得优先用于补发工资、补缴社保或支付赔偿。

3. 社保与福利处理
   公司清算时，应补缴欠缴的社会保险费用（包括养老、医疗、失业等）。若因未缴社保导致员工无法享受待遇（如医保报销、失业金等），员工可要求公司赔偿实际损失。

4. 员工债权申报与参与清算
   员工需在清算组公告的债权申报期限内，提交劳动合同、工资条、社保记录等证据，申报工资、经济补偿等债权。若对清算方案有异议，可向法院申请复议或参与债权人会议表决。

5. 特殊情形处理

   • 公司无财产可执行：若清算后无剩余财产，员工可能无法全额受偿，但可申请公司股东、实际控制人在未出资范围内承担补充赔偿责任（若存在出资不实情形）。
     
   • 刑事责任追责：若公司违法所得涉及刑事犯罪（如诈骗、非法经营等），员工可向公安机关报案，并主张通过刑事追赃程序挽回损失。

行动建议：

1. 立即收集劳动合同、工资流水、社保记录等证据；
   
2. 关注清算组公告，按时申报债权；
   
3. 若对清算程序有疑问，可要求清算组说明财产分配方案；
   
4. 必要时向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，维护权益。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据准备要点。