针对您提出的“公司清算程序违法怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。
首先，我们需要明确的是，公司清算程序必须严格遵守法律法规，确保清算过程的公正、透明和合法。如果清算程序存在违法行为，将会对债权人、股东以及其他利益相关者的权益造成严重损害。
一、违法清算的法律后果
根据《刑法》第一百六十二条的规定，如果公司、企业在清算过程中隐匿财产，对资产负债表或者财产清单作虚伪记载，或者在未清偿债务前分配公司、企业财产，严重损害债权人或者其他人利益的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金。
二、违法清算的处理方式
提起民事诉讼：
- 如果发现公司清算程序存在违法行为，债权人、股东或其他利益相关者可以向人民法院提起民事诉讼，请求清算组成员或其他相关责任人员承担赔偿责任。
- 在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明清算程序的违法性以及由此造成的损失。
股东代表诉讼：
- 如果公司怠于向清算组成员主张权利，股东有权以自己的名义提起股东代表诉讼。但需要注意的是，如果公司已经注销，股东则不能以自己的名义向清算组提起诉讼，清算组也不能代表公司提起诉讼。
- 在这种情况下，股东可以参照股东代表诉讼的规定，通过法律途径维护自己的权益。
行政监管与处罚：
- 除了民事诉讼外，相关行政监管部门也会对公司清算程序的违法行为进行调查和处罚。
- 如果发现清算程序存在严重违法行为，行政监管部门可能会对公司或相关责任人员处以罚款、吊销营业执照等行政处罚。
三、实际操作建议
及时收集证据：
- 在发现公司清算程序存在违法行为时，应及时收集相关证据，如清算报告、财务报表、会议记录等，以便在后续的法律程序中证明清算程序的违法性。
咨询专业律师：
- 由于公司清算程序涉及复杂的法律问题和专业知识，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
积极参与清算过程：
- 作为债权人或股东，应积极参与公司清算过程，监督清算程序的合法性和公正性，确保自己的权益得到保障。
综上所述，公司清算程序违法将面临严重的法律后果。如果发现公司清算程序存在违法行为，应及时采取法律措施维护自己的权益。同时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。