合作社自营掺混肥厂是否合法，需视具体情况而定，主要取决于是否满足相关法律法规的要求。以下从几个关键角度进行分析：

1. 资质与许可：

   • 合作社作为市场主体，若要自营掺混肥厂，首先需确保具备相应的生产资质。这通常包括但不限于工商营业执照、税务登记证等基本证件，以及针对肥料生产行业的特定许可，如肥料生产许可证或相关环保许可。
   • 掺混肥的生产可能涉及特定的技术标准和安全规范，合作社需确保生产过程符合这些要求，以获得必要的生产许可。

2. 产品质量与标准：

   • 合作社生产的掺混肥必须符合国家或地方规定的质量标准。这包括肥料的成分、含量、有效性以及安全性等方面。
   • 若合作社生产的肥料质量不达标，不仅可能面临市场监管部门的处罚，还可能对农民造成经济损失，甚至引发法律纠纷。

3. 环保要求：

   • 肥料生产过程中可能产生废水、废气或固体废弃物等污染物。合作社需确保生产活动符合环保法规的要求，采取必要的污染防治措施，防止环境污染。
   • 若合作社未遵守环保规定，可能面临环保部门的处罚，甚至被责令停产整顿。

4. 合同与知识产权：

   • 若合作社在生产过程中涉及使用他人的技术、配方或品牌等知识产权，需确保已获得合法授权，避免侵犯他人的知识产权。
   • 合作社与供应商、销售商等合作伙伴之间的合同关系也需明确，以保障各方的合法权益。

5. 法律责任与风险防控：

   • 合作社作为法人实体，需对其自营掺混肥厂的生产经营活动承担法律责任。这包括因产品质量问题、环境污染问题或合同纠纷等引发的法律责任。
   • 合作社应建立健全的法律风险防控机制，包括定期进行法律合规审查、加强员工法律培训等，以降低法律风险。

建议：

• 合作社在自营掺混肥厂前，应详细了解并遵守相关法律法规的要求，确保具备必要的资质和许可。
• 合作社应加强与政府部门的沟通，及时了解政策动态和监管要求，确保生产经营活动的合规性。
• 合作社应建立健全的质量管理体系和环保管理体系，确保产品质量和环保达标。
• 合作社在涉及合同和知识产权等问题时，应寻求专业法律意见，以保障自身合法权益。

若合作社在自营掺混肥厂过程中遇到任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。