自己注册肥料厂进行代加工是否违法，这主要取决于多个因素，包括是否具备相应的资质、是否遵守相关法律法规以及代加工的具体内容等。以下从不同角度进行分析：

1. 资质问题：

   • 注册肥料厂进行代加工，首先需要确保该厂具备生产肥料的合法资质。这通常包括获得相关的生产许可证、环保许可证等。如果未取得这些资质而擅自进行生产，将构成违法行为，可能会面临行政处罚甚至刑事责任。
   • 此外，如果代加工的肥料属于特殊类别（如有机肥料、复合肥料等），可能还需要额外的资质认证。因此，在注册肥料厂前，应详细了解并遵守相关法律法规，确保具备所有必要的资质。

2. 遵守法律法规：

   • 在进行代加工时，必须严格遵守国家关于肥料生产、销售、使用等方面的法律法规。这包括但不限于产品质量标准、包装标识要求、环保要求等。
   • 如果代加工的肥料存在质量问题或违反相关法律法规，不仅可能面临行政处罚，还可能对消费者的健康和环境造成损害，从而引发更严重的法律后果。

3. 代加工的具体内容：

   • 代加工的具体内容也是判断是否违法的重要因素。如果代加工的肥料是合法生产的，且符合所有相关标准和要求，那么这种代加工行为通常是合法的。
   • 然而，如果代加工的肥料涉及非法添加物、假冒伪劣产品或侵犯他人知识产权等违法行为，那么这种代加工行为就是违法的，并可能构成犯罪。

法律建议：

• 在注册肥料厂进行代加工前，务必详细了解并遵守相关法律法规，确保具备所有必要的资质和认证。
• 在进行代加工时，应严格把控产品质量，确保符合所有相关标准和要求。
• 如果对代加工的具体内容或相关法律法规存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构以获取准确指导。

可能法律后果：

• 如果未取得合法资质而擅自进行肥料生产或代加工，可能面临行政处罚，如罚款、停产整顿等。
• 如果代加工的肥料存在质量问题或违反相关法律法规，可能面临更严重的法律后果，包括刑事责任。

总结：自己注册肥料厂进行代加工是否违法，取决于是否具备相应资质、是否遵守相关法律法规以及代加工的具体内容。为了确保合法合规，建议在注册前详细了解并遵守相关法律法规，并在进行代加工时严格把控产品质量。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。