结论：本科毕业后签订了三方协议但未在协议单位上班，若学校认定虚假，可能会产生一系列影响，具体影响取决于学校的规定以及三方协议的具体内容。以下从不同角度进行分析：
一、对毕业生的直接影响
学校处理：
- 学校可能会根据内部规定对毕业生进行一定的处理，如警告、通报批评等，具体处理方式需参考学校的规章制度。
- 若学校将此情况记录在毕业生的档案中，可能会对毕业生的未来就业产生一定影响，因为一些用人单位在招聘时会查看毕业生的档案。
三方协议违约：
- 三方协议是毕业生、用人单位和学校三方之间签订的就业意向协议，具有法律效力。若毕业生未按照协议约定到用人单位上班，可能构成违约。
- 用人单位可能会根据协议约定要求毕业生承担违约责任，如支付违约金等。但具体是否需要支付违约金，还需看协议中的具体条款以及当地法律法规的规定。
二、对毕业生未来就业的影响
信誉问题：
- 毕业生未按照三方协议约定到用人单位上班，可能会给用人单位留下不诚信的印象，影响毕业生在该单位的声誉。
- 这种不诚信的行为若被其他用人单位知晓，也可能对毕业生的未来就业产生负面影响。
就业机会：
- 一些用人单位在招聘时可能会要求毕业生提供三方协议或相关证明，以确认毕业生的就业意向和诚信度。若毕业生因未履行三方协议而面临信誉问题，可能会错失一些就业机会。
三、法律建议与应对措施
与学校沟通：
- 若学校认定虚假并准备进行处理，毕业生应积极与学校沟通，解释原因并寻求解决方案。
- 可以提供相关证据证明自己未履行三方协议的原因，如已找到其他工作、家庭原因等，以争取学校的理解和宽容处理。
与用人单位协商：
- 若用人单位要求毕业生承担违约责任，毕业生应与用人单位协商解决。
- 可以尝试与用人单位达成和解协议，如支付部分违约金或延长入职时间等，以减轻自己的经济负担和法律责任。
了解法律法规：
- 毕业生应了解当地关于三方协议和就业的相关法律法规，以便在面临问题时能够维护自己的合法权益。
- 可以咨询专业律师或相关机构，获取更详细的法律建议和帮助。
进一步思考：毕业生在签订三方协议前应认真考虑自己的就业意向和职业规划，确保能够履行协议约定。若因特殊原因无法履行协议，应及时与学校和用人单位沟通并寻求解决方案，以避免不必要的法律纠纷和信誉损失。若你还有其他关于合同纠纷或劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。