经济合作协议被认定为劳动关系后，一般不适用商事仲裁，而是适用劳动仲裁。以下从多个角度进行分析：

劳动关系与商事关系的本质区别

1. 法律性质：劳动关系是基于用人单位与劳动者之间因提供劳动而产生的权利义务关系，它受到《劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律法规的调整。而商事关系则是基于平等主体之间的交易行为产生的权利义务关系，如买卖合同、服务合同等，它受到《民法典》合同编等商事法律法规的调整。

2. 争议解决方式：由于劳动关系与商事关系在法律性质上的不同，它们在争议解决方式上也存在差异。劳动关系争议通常通过劳动仲裁来解决，而商事关系争议则可以通过商事仲裁或诉讼来解决。

经济合作协议被认定为劳动关系后的法律后果

1. 仲裁机构的选择：当经济合作协议被认定为劳动关系时，双方之间的争议应提交给劳动仲裁机构进行仲裁，而不是商事仲裁机构。劳动仲裁机构会根据劳动法律法规来审理案件，并作出裁决。

2. 仲裁程序的适用：劳动仲裁程序与商事仲裁程序在程序规则、证据规则、裁决执行等方面都存在差异。劳动仲裁程序更注重保护劳动者的权益，如规定了较短的仲裁时效、提供了法律援助等。

特殊情况下的考虑

1. 协议中的仲裁条款：如果经济合作协议中明确约定了商事仲裁条款，但该协议被认定为劳动关系，那么该仲裁条款的效力可能会受到质疑。一般来说，由于劳动关系争议不属于商事仲裁的受理范围，因此该仲裁条款可能会被认定为无效。

2. 双方当事人的意愿：在某些特殊情况下，如果双方当事人均同意将劳动关系争议提交给商事仲裁机构进行仲裁，并且该仲裁机构也同意受理，那么从尊重当事人意愿的角度出发，也可以考虑适用商事仲裁。但这种情况较为罕见，且需要满足一定的条件。

法律建议

1. 明确协议性质：在签订经济合作协议时，双方应明确协议的性质是劳动关系还是商事关系，以避免后续产生争议。

2. 选择合适的争议解决方式：根据协议的性质和双方的需求，选择合适的争议解决方式。如果是劳动关系争议，应选择劳动仲裁；如果是商事关系争议，可以选择商事仲裁或诉讼。

3. 咨询专业律师：在签订协议或产生争议时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

总结来说，经济合作协议被认定为劳动关系后，一般应适用劳动仲裁来解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。