劳动合作关系一般不可以申请劳动仲裁，但存在特定情形下的例外。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合作关系与劳动关系的区别
法律性质不同：
- 劳动关系受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规的调整，具有明确的从属性特征，即劳动者成为用人单位的一员，接受用人单位的管理和指挥。
- 劳动合作关系，通常指的是基于合作协议而形成的一种合作关系，它并不构成劳动关系，而是受《中华人民共和国民法典》等民事法律法规的调整。在合作协议中，双方是平等的民事主体，不存在隶属关系。
权利义务不同：
- 在劳动关系中，用人单位必须为劳动者缴纳社会保险费，提供劳动保护等，而劳动者则享有获得劳动报酬、休息休假等权利。
- 在劳动合作关系中，双方的权利义务主要依据合作协议的约定来确定，通常不涉及社会保险费的缴纳和劳动保护等义务。
二、为何劳动合作关系一般不适用劳动仲裁
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，劳动仲裁主要适用于因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议。由于劳动合作关系并不构成劳动关系，因此一般不受该法的调整，也就不适用劳动仲裁程序。
三、特定情形下的例外
虽然劳动合作关系一般不适用劳动仲裁，但在某些特定情形下，如果双方之间的纠纷实质上涉及劳动权益的保护，且符合劳动仲裁的受理范围，那么当事人仍有可能通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。例如：
- 名为合作实为劳动的情形：在某些情况下，用人单位可能以签订合作协议的方式规避劳动法律法规的义务。此时，如果双方之间的关系实质上符合劳动关系的特征（如存在隶属关系、劳动者接受用人单位的管理和指挥等），那么劳动者可以主张双方之间存在事实上的劳动关系，并据此申请劳动仲裁。但这种情况需要充分的证据来支持劳动者的主张。
- 合作协议中的仲裁条款：如果双方在合作协议中明确约定了关于合同争议的仲裁条款，那么在发生争议时，双方可以按照事先的约定向相应的仲裁机构申请仲裁审理。但这种情况下的仲裁并不属于劳动仲裁的范畴，而是属于民事仲裁的范畴。
四、建议与注意事项
- 明确合同性质：在签订合作协议时，双方应明确合同的性质和目的，避免产生不必要的纠纷。如果双方希望建立劳动关系，则应签订劳动合同而非合作协议。
- 约定争议解决方式：在合作协议中，双方可以约定争议解决的方式和机构。如果希望快速解决争议并降低解决成本，可以考虑约定仲裁作为争议解决的方式。但需要注意的是，仲裁裁决具有终局性，一旦作出即对双方具有约束力。
- 寻求专业法律帮助：在遇到劳动合作关系纠纷时，建议双方及时寻求专业法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方更好地维护自己的合法权益。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动合作关系或劳动仲裁的问题，欢迎直接向我咨询。