针对您提出的“国有企业辞去总经理职务后如何处理”的问题，这是一个涉及国有企业干部管理、劳动合同法以及公司治理结构等多个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、职务免除的程序与依据
首先，国有企业辞去总经理职务，通常需要依据公司章程、相关法律法规以及企业内部管理制度进行。这一过程往往涉及董事会或上级主管部门的决策，并需遵循一定的程序，如提前通知、召开董事会会议、形成决议等。具体程序可能因企业性质、规模及内部管理规定而有所不同。
二、劳动合同的处理
职务免除与劳动合同解除/终止的关系：
- 职务免除并不直接等同于劳动合同的解除或终止。总经理作为企业的高级管理人员，其职务的免除可能只是管理层面的调整，而不必然影响其与企业的劳动关系。
- 劳动合同的解除或终止需要依据《劳动合同法》的相关规定进行，如双方协商一致、劳动者严重违反规章制度、不能胜任工作等情形。
劳动合同的后续处理：
- 如果职务免除后，企业希望与总经理解除或终止劳动合同，应依法进行，并支付相应的经济补偿（如适用）。
- 如果总经理继续在企业担任其他职务或以其他形式与企业保持劳动关系，则劳动合同可能继续有效，但双方可能需要就新的工作内容、薪酬等条款进行协商并签订补充协议。
三、相关权益与义务
总经理的权益：
- 在职务免除过程中，总经理有权了解免除的具体原因、依据及后续安排。
- 如果认为免除决定存在违法或不当之处，总经理有权依法提出异议或申诉。
企业的义务：
- 企业应依法履行职务免除的程序，确保决策的合法性和公正性。
- 在职务免除后，企业应妥善处理与总经理的劳动关系，包括但不限于支付应得的薪酬、福利及经济补偿（如适用）。
四、实践建议
完善内部管理制度：
- 国有企业应建立健全内部管理制度，明确职务免除的程序、依据及后续处理措施，以减少争议和纠纷。
加强沟通与协商：
- 在职务免除过程中，企业应与总经理进行充分沟通，解释免除的原因和依据，并就后续安排进行协商，以达成共识。
依法处理劳动关系：
- 企业应严格遵守《劳动合同法》等相关法律法规，依法处理与总经理的劳动关系，确保双方的权益得到保障。
综上所述，国有企业辞去总经理职务后，应依法进行职务免除程序，并妥善处理与总经理的劳动关系。如有需要，建议咨询专业法律人士或人力资源专家，以确保处理过程的合法性和合规性。