当遇到协商协议和实际协议不符的情况时，并不必然导致协议作废，其法律效力需根据具体情况来判断，可能无效、可撤销或继续有效。以下是从不同角度为你详细分析的情况及建议：
一、协议可能无效或可撤销的情形
重大误解：
- 如果协议内容与实际不符是因为一方对合同的重要内容（如标的、数量、质量、价款等）产生了重大误解而订立协议，误解方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。例如，你误以为购买的是全新设备，实际却是二手设备，且这一误解对你是否签订协议有重大影响，那么你就可以申请撤销该协议。
欺诈：
- 一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立的协议，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。比如，对方谎称土地适合种植珍稀药材，实际上并不适合，而你基于这一错误认识签订了协议，那么你就可以请求撤销协议。
显失公平：
- 协议订立时，如果一方利用对方处于危困状态或缺乏判断能力等情形，致使协议权利义务明显违反公平原则，受损害方有权请求撤销。例如，你在急需用钱时，对方以极低价格收购你的祖传古董，这一交易明显不公平，你就可以申请撤销该协议。
违法违规或违背公序良俗：
- 协议内容如果违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，则协议自始无效。例如，约定提供走私货物运输服务的协议就属于此类，该协议因违法而无效。
二、协议继续有效的情形
可补正的不符情况：
- 如果协议与实际不符的情况不严重，且双方能通过后续沟通明确并修正，不影响协议目的的实现，则协议通常继续有效。例如，交货地点表述模糊但后续能明确，且这一模糊并不影响合同的履行，那么协议就继续有效。
部分不符不影响整体效力：
- 协议部分内容与实际不符，但该部分并非核心内容，不影响主要权利义务和协议目的的实现，则整体协议依然有效。仅对不符部分进行适当调整或处理即可。比如，房屋租赁合同中物业费承担约定与实际物业规定有差异，但这一差异并不影响你租赁房屋的主要目的，那么整个租赁合同就仍然有效。
三、协议与实际不符的处理方式
协商补充或重新订立：
- 双方当事人可以在协商之后变更协议、达成补充协议或者重新订立协议书，以解决内容与实际不符的问题。这是最直接、最有效的方式，能够保持双方合作关系的和谐与稳定。
申请撤销或确认效力：
- 如果协商不成，当事人可以向人民法院申请撤销该协议或确认其效力。协议被撤销后自始无效；若被确认无效，则同样不具有法律效力。在申请撤销或确认效力时，你需要提供充分的证据来证明协议与实际不符且非出于自身真实意愿。
四、法律依据
- 《民法典》第一百四十三条：规定了民事法律行为有效的条件，包括行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规和公序良俗。
- 《民法典》第一百四十七条：规定了基于重大误解实施的民事法律行为可撤销。
- 《民法典》第一百四十八条：规定了一方以欺诈手段使对方违背真实意思实施的民事法律行为可撤销。
五、注意事项
真实意愿：协议必须是当事人真实意愿的表示，否则不具有法律效力。在签订协议时，要确保自己完全理解协议内容，并基于真实意愿签订。
举证责任：主张协议无效或可撤销的一方需要承担举证责任，证明协议与事实不符且非出于自身真实意愿。因此，在签订协议时，要保留好相关证据，如聊天记录、邮件、录音等，以备不时之需。
综上所述，当协议与实际不符时，应具体分析不符的原因、程度以及对协议目的的影响等因素来确定协议的效力状态。双方应优先通过协商解决争议，协商无果时可依法向人民法院申请撤销或确认协议效力。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。