结论：员工在丧假期间，公司已经支付了工资的情况下，通常不应再扣除全勤奖励。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着丧假是劳动者的法定带薪假期，期间工资应照常支付。
- 《工资支付暂行规定》第十一条也明确指出，劳动者依法享受丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这进一步确认了丧假期间工资支付的合法性。
丧假性质与全勤奖的关系：
- 丧假是劳动者因直系亲属死亡而需要处理丧事所享有的带薪假期，它体现了人道主义和劳动者的基本权益。在丧假期间，劳动者因履行正当的丧葬事宜而请假，不应被视为缺勤。
- 全勤奖作为员工工资福利待遇的一部分，通常是为了奖励员工在一定时期内的全勤表现。由于丧假是劳动者的合法权益，且在此期间员工仍然享有正常的工资待遇，因此全勤奖的发放不应受丧假影响。
实际操作中的考量：
- 大多数正规的用人单位在制定规章制度时，都会考虑到丧假的特殊性，不会因为员工请丧假而扣除全勤奖。这不仅体现了企业对员工的人文关怀，也有助于维护企业与员工之间的良好关系。
- 如果用人单位无故扣除员工丧假期间的全勤奖，可能会引发员工的不满，甚至导致劳动争议。因此，从公平合理的角度出发，用人单位应当遵守相关法律法规，确保丧假期间员工的全勤奖不受影响。
特殊情况的处理：
- 如果员工请假的天数超出了规定的丧假天数（例如，因特殊情况需要延长假期），那么单位有权按照内部的规章制度进行处理。在这种情况下，单位可能会对超出期间的工资或全勤奖进行相应扣除。但这种情况并不属于丧假本身的范畴，而是员工请假天数超出规定的情况。
建议：
- 作为员工，在申请丧假时，应了解并遵守公司的规章制度，确保自己的请假行为符合规定。
- 如果公司无故扣除丧假期间的全勤奖，员工可以与公司进行沟通协商，必要时可以寻求法律援助以维护自己的合法权益。
- 作为用人单位，应当制定合理的丧假政策，并明确告知劳动者。同时，应尊重劳动者的合法权益，确保在丧假期间不扣除其全勤奖等福利待遇。
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