结论：土地证上的房子没了，其合法性需根据具体情况判断，主要取决于房屋灭失的原因、是否经过合法程序以及土地使用权的归属等因素。

分析：

1. 房屋灭失原因：

   • 自然因素：如因地震、洪水等自然灾害导致房屋灭失，这种情况下，土地证依然有效，但房屋本身已不存在。土地使用权人可以依法申请重建或根据相关规定处理土地。
   • 人为因素：若房屋因人为拆除（如政府拆迁、个人自行拆除等）而灭失，则需考虑拆除的合法性。若拆除行为合法，且已按照相关规定进行了补偿或安置，则土地证上的权益可能因房屋灭失而受到影响，但土地使用权本身可能仍存在或需根据具体情况处理。若拆除行为非法，则可能涉及侵权责任，土地使用权人可依法维权。

2. 合法程序：

   • 重建程序：若房屋灭失后，土地使用权人希望重建，需按照当地规划、建设等相关法律法规的规定，办理重建手续。未经合法程序重建的房屋，可能被视为违法建筑，不受法律保护。
   • 土地使用权变更：若房屋灭失导致土地使用权需要变更（如因拆迁导致的土地收回或转让），则需按照相关法律法规的规定，办理土地使用权变更手续。未办理变更手续的，可能影响土地使用权的合法性。

3. 土地使用权归属：

   • 土地使用权证的有效性：土地证是证明土地使用权归属的重要法律文件。只要土地证未被依法撤销或注销，其记载的土地使用权归属就具有法律效力。
   • 房屋与土地的关系：在我国，房屋与土地通常被视为一个整体，但房屋灭失并不必然导致土地使用权的丧失。土地使用权人仍可依法享有土地的使用权，除非因特定原因（如政府征收、土地出让合同到期等）导致土地使用权变更或终止。

建议：

• 核实土地证状态：首先确认土地证是否仍然有效，以及土地使用权的归属情况。
• 了解房屋灭失原因：查明房屋灭失的具体原因，以判断是否存在非法拆除或侵权行为。
• 咨询相关部门：若希望重建房屋或处理土地使用权问题，建议咨询当地规划、建设、国土等部门，了解相关法律法规和政策要求。
• 依法维权：若认为自身权益受到侵害，可依法向相关部门投诉或提起诉讼，维护自身合法权益。

可能后果：

• 若房屋灭失后未依法处理土地使用权问题，可能导致土地使用权被收回或面临其他法律风险。
• 若重建房屋未办理合法手续，可能被视为违法建筑而面临拆除风险。

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