针对扶贫车间占用设施农用地的问题，核心在于明确土地用途变更的合法性及后续处理方式。以下是具体分析：

1. 合法性审查
   首先需确认扶贫车间是否符合设施农用地的用途管制要求。根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，设施农用地应直接用于或服务于农业生产（如种植、养殖辅助设施），若扶贫车间用于农产品加工、仓储物流等非直接农业生产环节，则可能涉及土地用途变更，需依法办理农用地转用审批手续。

2. 处理方式分情况

   • 情况一：未办理审批手续但符合规划
     若扶贫车间未办理农用地转用审批，但符合当地土地利用总体规划和乡村振兴规划，可补办用地手续：
     
     1. 向县级自然资源主管部门申请用地转用审批；
        
     2. 缴纳土地复垦费或耕地开垦费（如占用耕地）；
        
     3. 完善设施农用地备案手续（部分地区要求）。
        
   • 情况二：不符合规划或无法补办手续
     若扶贫车间占用永久基本农田，或不符合土地利用规划，可能面临限期拆除、恢复土地原状的处罚。此时可尝试：
     
     1. 申请调整土地利用规划（需经省级政府批准）；
        
     2. 争取纳入乡村振兴项目库，通过“点状供地”等政策解决用地需求；
        
     3. 与村委会协商，通过土地流转方式重新选址建设。
        

3. 合规建议

   • 前期规划：建设前应咨询当地自然资源部门，确认土地性质及用途管制要求；
     
   • 手续完善：优先选择已有建设用地或通过“增减挂钩”政策获取指标；
     
   • 风险规避：避免以设施农用地名义建设永久性建筑，防止被认定为“非农化”行为。
     

若涉及具体案件或地方政策差异，可进一步提供细节，我会结合《土地管理法》《乡村振兴促进法》等法规为您详细分析。